A cross-sectional overview of SARS-CoV-2 genome variations in Turkey

Türkiye kaynaklı SARS-CoV-2 genom varyasyonlarının kesitsel değerlendirmesi

Abstract

Objectives: We assessed SARS-CoV-2 genome diversity and probable impact on epidemiology, immune response and clinical disease in Turkey. Materials and methods: Complete genomes and partial Spike (S) sequences were accessed from the Global Initia- tive on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) database. The genomes were analysed for variations and recombi- nations using appropriate softwares. Results: Four hundred ten complete genomes and 206 S region sequences were included. Overall, 1,200 distinct nucleotide variations were noted. Mean variation count was 14.2 per genome and increased significantly during the course of the pandemic. The most frequent variations were identified as A23403G (D614G; 92.9,%), C14408T (P323L, 92.2%), C3037T (89.8%), C241T (83.4%) and GGG28881AAC (RG203KR, 62.6%). The A23403G mutation was the most frequent variation in the S region sequences (99%). Most genomes (98.3%) belonged in the SARS-CoV-2 haplogroup A. No evidence for recombination was identified in genomes representing sub-haplogroup branches. The variants B.1.1.7, B.1.351 and P.1 were detected, with a statistically-significant time-associated increase in B.1.1.7 prevalence. Conclusions: We described prominent SARS-CoV-2 varia- tions as well as comparisons with global virus diversity. Continuing a molecular surveillance in agreement with local disease epidemiology appears to be crucial, as vaccination and mitigation efforts are ongoing.

Özet

Amaç: Türkiye kaynaklı SARS-CoV-2 genomik dizi çeşitli- liğinin ve epidemiyoloji, bağışık yanıt ve hastalık seyri üzerine muhtemel etkili varyasyonların incelenmesi. Gereç ve Yöntem: “Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data” (GISAID) veri tabanında yer alan tüm genom ve “Spike” (S) bölgesine ait verilere ulaşılarak uygun yazılımlar yardımıyla varyasyon ve muhtemel rekombinasyonlar araştırıldı. Bulgular: Toplam 410 tam genom ve 206 S bölgesi dizisi incelendi, 1200 farklı nükleotid düzeyinde varyasyon saptandı. Genom başına toplam varyasyon ortalaması 14.2 olarak hesaplandı ve salgının ilerleyişi süresince ista- tistiksel olarak anlamlı artış izlendi. En sık saptanan var- yasyonlar A23403G (D614G; 92.9,%), C14408T (P323L, 92.2%), C3037T (89.8%), C241T (83.4%) ve GGG28881AAC (RG203KR, 62.6%) olarak sıralandı. S bölgesi dizilerinde de A23403G, en yaygın varyasyon (%99) şeklinde izlendi. İncelenen genomların sıklıkla (%98.3) SARS-CoV-2 A haplogrubuna ait olduğu görüldü. Alt haplogrupları temsil eden genomlarda yapılan incelemelerde rekombinasyon bulgusu saptanmadı. Çalışma grubunda B.1.1.7, B.1.351 veP.1 varyantları tespit edildi. B.1.1.7 prevalansında izlenen zamanla ilişkili artış, istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Sonuçlar: Çalışmada ülkemiz kaynaklı SARS-CoV-2 genomlarında belli başlı varyasyonlar belirlenmiş ve küre- sel virüs çeşitliliği ışığında değerlendirilmiştir. Kontrol ve aşılama çalışmaları ile eşzamanlı olarak önemli varyantların tanımlanabilmesi için, bölgesel epidemiyoloji ile uyumlu moleküler sürveyans çalışmaları sürdürülmelidir