High quality RNA from hydroponically grown grapevine roots suitable for gene expression studies

Gen Anlatımı Çalışmaları İçin Uygun Özellikte Hidroponik Olarak Yetiştirilmiş Asma Köklerinden Yüksek Kalitede RNA Eldesi

Abstract

Objectives: Grapevine root system plays a great role in sensing and adapting to abiotic and biotic stresses. Identification of candidate genes involved in the tolerance to abiotic stress is becoming a crucial strategy to select and breed resilient genotypes. However, obtaining high quality RNA from grapevine roots under hydroponic culture is difficult. Hence, we have developed a new extraction procedure to improve RNA quality for root gene expression studies.Methods: Conventional RNA extraction methods using CTAB are not suitable for gene expression studies and need to be improved. Here we report the application of a CTAB- based method for RNA extraction using an additional clean-up purification step.Results: The RIN value of the resulting RNA indicated that our procedure allowed the purification of high RNA quality and quantity. Hence, the clean-up purification step efficiently eliminated contaminants which inhibit downstream applications. Derived RNA was successfully

Özet

Genel Bilgiler: Asma kök sistemi abiyotik ve biyotik stres etkenlerini algılama ve bu etkenlere adapte olmada büyük rol oynar. Kökler üzerine genomik çalışmalar yetersiz olsa da, abiyotik stres toleransıyla ilişkili aday genlerin tanımlanması, dirençli genotipleri seçmek ve ıslaha kazandırmak için önemli bir strateji haline gelmektedir.Amaç: Kökler çevre ile ilk temas kuran organdır. Ancak, hidroponik kültür altında asma köklerinden yüksek kaliteli RNA elde etmek zordur. Bu nedenle, gen ekspresyon çalışmaları için kök RNA kalitesini artırmak amacıyla yeni bir izolasyon yöntemi geliştirdik.Yöntem: CTAB kullanılarak gerçekleştirilen klasik RNA izolasyon yöntemleri gen ekspresyon çalışmaları için uygun değildir ve geliştirilmeye ihtiyacı vardır. Burada ek bir temizlik saflaştırma adımı kullanarak RNA izolasyonu için CTAB tabanlı bir yöntem uygulaması sunduk.Bulgular: Elde edilen RNA RIN değeri, prosedürümüzün yüksek kalitede ve kantitede RNA saflaştırmayı sağladığını gösterdi. Bu nedenle, temizlik saflaştırma adımı downstream uygulamalarını engelleyen kirlilikleri etkili bir şekilde ortadan kaldırmıştır. Elde edilen RNA Northern blot hibridizasyon yöntemiyle tuz stresi altındaki asmanın diferansiyel gen ekspresyon analizi için başarıyla kullanılmıştır.Sonuç: Bu çalışmada, gen ekspresyon çalışmalarında uygun RNA eldesi için hidroponik kültür asma köklerinden etkili bir RNA izolasyon protokolü geliştirdik. Bu çalışma, tarımsal özellikler ile ilgili genlerin tanımlanmasıyla asma fonksiyonel genomiğine geniş bir perspektif açacaktır