Van Gölü ve çevresinden izole edilen alkolofilik Bacillus türlerinin ekstraselülar protein profillerinin bilgisayar analiziyle identifikasyonu

Identification of alkaliphilic Bacillus species isolated from lake Van and its surrounings by computerized analysis of extracellular protein profiles

Abstract

Five reference Bacillus species and 17 native alkaliphilic Bacillus strains, isolated from the water of Lake Van and the soil surrounding it, were identified using phenotypic characteristics and extracellular protein profiles by the method of sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). According to the phenotypic characteristics, all the native isolates were Gram-positive, aerobic, endospore-forming, motile, facultatively alkaliphilic Bacillus spp. It was also found that the native alkaliphilic Bacillus isolates were distinguished phenotypically from other Bacillus species. A numerical analysis based on the resulting extracellular protein profiles revealed 5 distinct clusters: native isolates and B. megaterium formed 4 clusters that varied between 69% and 100% similarity, and the other reference Bacillus species formed a cluster with a similarity of above 70%. The research showed that extracellular protein profiles obtained by SDS-PAGE provide an effective approach to the investigation of taxonomic relationships within native alkaliphilic Bacillus isolates and other Bacillus species.

Özet

Bu çalışmada, 5 referans Bacillus türü ve Van Gölü suyu ve çevresindeki topraklardan izole edilen toplam 17 yerel alkalofilik Bacillus izolatı fenotipik özellikleri ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamidjel elektroforez kullanılarak elde edilen ekstraselülar protein profillerine göre identifiye edilmiştir. Fenotipik özelliklerine göre, yerel izolatların tümünün Gram pozitif, aerobik, endospor oluşturan, hareketli ve fakültatif alkalofilik Bacillus cinsine ait türler olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, yerel alkalofilik izolatların fenotipik olarak diğer referans Bacillus türlerinden farklı olduğu bulunmuştur. Ekstraselülar protein profil sonuçları esas alınarak yapılan nümerik analiz; yerel izoiatlar ve B. megaterium'u içeren benzerlik seviyesi % 69 ve % 100 arasında değişen dört grup ve benzerlik seviyesi % 70'in üzerinde diğer referans Bacillus türlerini içeren bir grup olmak üzere beş ayrı grup ortaya koymuştur. Bu araştırma, SDS-PAGE yöntemiyle elde edilen ekstraselülar protein profillerinin yerel alkalofilik Bacillus izolatları ve diğer Bacillus türlerinin taksonomik ilişkilerinin incelenmesinde etkili bir yaklaşım sağladığını göstermiştir.