Keçi sütü somatik hücrelerinden genomik DNA izolasyonunda fenol-kloroform ve Chelex 100 ekstraksiyon yöntemlerinin karşılaştırılması

The comparison of phenol-chloroform and chelex 100 extraction methods for the isolation of genomic DNA from goat milk somatic cells

Özet

Bu çalışmada, Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni Bölüm işletmesinde yetiştirilen Saanen-Kilis melezi Akkeçi'lerden ve Konya-Ermenek yöresi özel işletmelerdeki Kıl keçilerden temin edilen toplam 30 adet süt örneğinden genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. Genomik DNA izolasyonu, fenol-kloroform ile Chelex® 100 ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak yapılmıştır. Her iki yöntemle elde edilen genomik DNA'nın konsantrasyonu ve saflık derecesi, 260 ve 280 nm UV ışığı altında absorbans değerlerinden hesaplanmış ve karşılaştırılmışım Fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemi ile elde edilen DNA konsantrasyonu ortalama, 2406±322 ng/mL ve saflık derecesi A26o/A28o oranında ortalama, 1.816±0.038 olarak bulunmuştur. Bu durum fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemiyle genomik DNA'nın saf olarak elde edildiğini göstermektedir. Chelex® 100 ekstraksiyon yönteminde ise DNA konsantrasyonu ortalama, 590.0±54.9 u.g/mL ve elde edilen genomik DNA'nın saflık derecesi ortalama, 1.311 ±0.0.12 olarak bulunmuştur. Bu sonuç Chelex® 100 ekstraksiyonu ile elde edilen DNA örneklerinde protein kontaminasyonu olduğunu göstermekte ve DNA'larm çok saf elde edilemediğini ifade etmektedir. Fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemi ile elde edilen genomik DNA, % 1.0 'lik agaroz jelinde tek bant olarak görülmüştür. Ancak Chelex® 100 ekstraksiyon yöntemi ile elde edilen DNA miktarı az olduğu için agaroz jelinde görüntü alınamamıştır.

Abstract

In this study, the isolation of genomic DNA was carried out by using a total of 30 Akkeçi and native hair goat milk samples that were collected from Konya-Ermenek region and University of Ankara, Faculty of Agriculture, Department of Animal Science. The isolation of genomic DNA was performed by using phenol-chloroform and Chelex® 100 extraction methods. The concentration and the purity of genomic DNA obtained with both methods, were determined by spectrophotometric absorption of UV light at 260 nm and 280 nm wave length and the results were compared. The mean DNA concentration obtained from phenol-chloroform extraction method was 2406±322 ng/mL and the mean purity of genomic DNA (Azeo/Aaso ratio) was 1.816±0.038. These results indicate good deproteinisation in phenol-chloroform extraction method. The mean DNA concentration obtained from Chelex® 100 extraction method was 590.0±54.9 u,g/mL and the mean purity of genomic DNA was 1.311 ±0.012. These results showed that there were some protein contaminations in DNA samples by using Chelex® 100 extraction method. The genomic DNA obtained from phenol-chloroform extraction method, appeared to be a single band on 1 % agarose gel but due to the less amount of genomic DNA obtained in Chelex® 100 extraction method, there was no signal on agarose gel.