Assessment of Genetic Diversity in Cucumber (Cucumis sativus L.) Genotypes Using Morphological Characters and AFLP Analysis

Hıyar (Cucumis sativus L.) Genotiplerinde Genetik Çeşitliliğin Morfolojik Karakterler ve AFLP Analizi Kullanılarak Değerlendirilmesi

Abstract

For this purpose, 18 cucumber lines were evaluated for their geneticdiversity using six morphological characterizations (plantmorphology, plant length, length of leaf blade, fruit length, fruitdiameter and fruit stem length) and eight AFLP markers. TheseAFLP primer combinations amplified well and also showedpolymorphism. Thus, 1975 AFLP fragments were obtained and 1468fragments were polymorphic (75.34%). Dendrograms were drawnusing UPGMA (Unweighted Pair Group Method) arithmeticalaverages and according to the UPGMA dendrogram, the cucumberaccessions clustered into two main groups. The genetic distances ofthe dendrogram varied between 0.92 and 0.96. Cluster analysis basedon morphological data discriminated all lines into three major clustersin UPGMA dendrogram. The similarity coefficient ranged between0.888 and 0.982 indicating that the cucumber lines used in the studyhave a low level of genetic variation. Results obtained from thephylogenetic dendrogram by 8 pairs of AFLP primers were consistentwith those from the UPGMA clustering analysis, which were inaccording with the morphological taxonomy on cucumber.

Özet

Bu çalışmanın amacı hıyar genotiplerinin morfolojik ve moleküler çeşitliliğini değerlendirmektir. Bu amaçla, altı adet morfolojik özellik (bitki morfolojisi, bitki boyu, yaprak ayası büyüklüğü, meyve uzunluğu, meyve çapı ve meyve sapı uzunluğu) ve sekiz AFLP markeri kullanılarak 18 hıyar hattı genetik çeşitlilik açısından değerlendirilmiştir. Kullanılan AFLP primer kombinasyonları polimorfizm göstermiştir. Çalışma sonucunda 1975 AFLP fragmanı elde edilmiş ve 1468 fragmanın polimorfik olduğu görülmüştür (%75.34). Dendrogramlar, aritmetik ortalamalar kullanılarak UPGMA (Unweighted Pair Group Method) yöntemiyle çizilmiş ve UPGMA dendrogramına göre hıyar genotipleri iki ana gruba ayrılmıştır. Dendrogramın genetik mesafeleri 0.92 ile 0.96 arasında değişmiştir. Morfolojik verilere dayanan küme analizinde ise UPGMA dendrogramı tüm hatları üç ana kümeye ayırmıştır. Çalışmada kullanılan hıyar hatlarının benzerlik katsayısının 0.888 ile 0.982 arasında değişen düşük bir genetik varyasyon seviyesine sahip olduğu belirlenmiştir. 8 çift AFLP primeri ile oluşturulan filogenetik dendogramlarla, morfolojik taksonomi ile yapılan UPGMA kümeleme analizleriyle oluşturulan dendogramlar örtüşmektedir.