Determination of genetic variation among blue crab (Callinectes sapidus) popuations along Mediterranean coast of Turkey using COI sequences

Türkiye’nin Akdeniz kıyısındaki mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik farklılığın COI gen dizileri kullanılarak değerlendirilmesi

Abstract

Nucleotide sequence divergence in mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene was used to determine genetic variation of blue crab (Callinectes sapidus) populations found along Mediterranean coast of Turkey. 143 individuals from 8 distinct populations (Akyatan, Fethiye, Beymelek, Gulluk, Iskenderun, Koycegiz, Mersin and Tasucu) along Mediterranean coast were investigated by means of nucleotide composition and nucleotide pair frequency. Genetic divergence was estimated using DNA sequence variations, under Tamura 3-parameter model. Considering 143 individuals sequenced, 42 (6.41%) variable sites and an average variation of 1.9% were found in 655 base pair long fragment. Highest genetic divergence was found between Akyatan-Gulluk populations; with a genetic distance rate of 2.5% and an average value of R was estimated as 3.59 for all the populations. Phylogenetic tree was constructed using unweighted pair-group method of arithmetic average (UPGMA) method. When we evaluated the phylogenetic tree with the sum of branch length of 0.07232, results point out a genetic structuring between blue crab populations correlated with the geographic distance.

Özet

Türkiye’nin Akdeniz kıyılarında bulunan mavi yengeç (Callinectes sapidus) populasyonları arasındaki genetik çeşitliliğin ortaya çıkarılmasında mitokondriyal sitokrom c oksidaz I (COI) geninin nükleotid dizisi farklılıklarından yararlanılmıştır. Akdeniz kıyısı boyunca, 8 farklı populasyondan (Akyatan, Fethiye, Beymelek, Güllük, İskenderun, Köyceğiz, Mersin ve Taşucu) elde edilen 143 örnek nükleotid kompozisyonu ve nükleotid çifti frekansı bakımından incelenmiştir. DNA dizilerinin farklılığı kullanılarak tespit edilen genetik farklılığın belirlenmesinde Tamura 3-parameter modeli kullanılmıştır. DNA dizi analizi gerçekleştirilen 143 örnek göz önüne alındığında, 655 baz çitlik bölgede 42 (%6.41) değişken bölge ve ortalama %1.9 varyasyon saptanmıştır. En yüksek genetik farlılık %2.5 ile Akyatan-Güllük populasyonları arasında tespit edilmiş ve ortalama R değeri tüm populasyonlar için 3.59 olarak hesaplanmıştır. Filogenetik ağacın oluşturulmasında unweighted pair-group method of arithmetic average (UPGMA) yöntemi kullanılmıştır. Dal uzunlukları toplamı= 0.07232 olarak hesaplanan filogenetik ağaç değerlendirildiğinde, mavi yengeç populasyonları arasında coğrafik uzaklıkla korele bir genetik gruplaşma olduğu sonucuna varılmıştır.