Investigation of rifampicin resistance in Mycobacterium tuberculosis strains isolated from respiratory specimens by using conventional and molecular methods

Solunumsal örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis suşlarında rifampisin direncinin konvansiyonel ve moleküler yöntemler kullanılarak araştırılması

Hakan AYDOĞAN, M. Ali SARAÇLI, Ş. Taner YILDIRAN, Ayhan KUBAR, Mehmet BAYSALLAR

Abstract

Increasing incidence of tuberculosis cases due to drug resistant Mycobacterium tuberculosis has become one of the major problems throughout the world in this era. To begin anti-tuberculosis therapy immediately, tests performed to establish the probable resistance of isolated strains to anti-tuberculosis drugs should be reliable, and for the dependable susceptibilty test results, conventional methods need standardization. The use of simple and rapid techniques is an other important consideration. With use of molecular methods, the desired simplicity and rapidness are achieved. Totally 1325 respiratory specimens (sputum, bronchoalveolar lavage and gastric lavage fluid) submitted to the laboratory between May 1997 and March 1998 were evaluated. From 48 patients 115 Mycobacterium strains were isolated on Loewenstein-Jensen medium. All of these isolates were identified as M.tuberculosis. Later, indirect proportion method was used for detecting rifampicin (RMP) resistance, and four RMP resistant strains from 48 patients were detected. Also Cold Single Strand Conformation Polymorphism (Cold SSCP) molecular method was carried out by using the same strains. The sensitivity of Cold SSCP method was found to be 100%. Although the same results were obtained after using two different methods, the only difference between the conventional and molecular methods was the duration of the test (28 days and one day, respectively). In conclusion, SSCP molecular method should be used more frequently due to its reliability, simplicity and rapidity in laboratories which have adequate sources.

Özet

İlaçlara dirençli Mycobacterium tuberculosis'e bağlı olguların görülme sıklığındaki artış dünyanın en büyük sağlık sorunlarından biri haline gelmiş durumdadır. Bir an önce tedaviye başlanabilmesi için, anti-tüberküloz ilaçlara karşı varolan olası direnci belirlemek amacıyla yapılan duyarlılık testlerinin güvenilir olması gerekmektedir. Güvenilir test sonuçları için de kullanılan konvansiyonel yöntemlerin standardizasyonuna gereksinim duyulmaktadır. Kullanılan testlerin hızlı ve basit olması diğer önemli faktörlerdir. Moleküler yöntemlerin kullanılmaya başlanması ile bu konuda önemli adımlar atılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada Mayıs 1997-Mart 1998 tarihleri arasında laboratuvara gönderilen solunum kaynaklı (balgam, mide suyu, bronkoalveoler lavaj) 1325 örnek değerlendirmeye alınmıştır. Bunlardan 48 hastaya ait 115 izolat Lövvenstein-Jensen besiyerinde üremiştir. Bu izolatların hepsi M. tuberculosis olarak identifiye edilmiştir. Daha sonra bu izolatların rifampisin (RMP) direncini belirlemek amacıyla indirekt proporsiyon yöntemi kullanılarak duyarlılık testi yapılmıştır. Hastaların dördünden (%8.3) elde edilen suşlarda RMP direnci belirlenmiştir. Aynı suşlardaki RMP direnci Cold Single Strand Conformation Polymorphism (Cold SSCP) yöntemi kullanılarak da saptanmış ve bu moleküler yöntemin hem sensitivitesi hem de diğer testle uyumu %100 olarak bulunmuştur. Rifampisin direncinin saptanmasında kullanılan konvansiyonel yöntem (28 gün) ve moleküler yöntem (bir gün) arasında test sonuçlanma süresi ile ilgili belirlenen fark dikkat çekicidir. Sonuçlar, güvenilirliğinin belirlenmesi amacıyla Cold SSCP moleküler yöntemi ile ilgili çalışmaların artarak devam etmesi gerektiğini ve bu yöntemin RMP direncinin saptanmasında, basit ve hızlı olması nedeniyle yeterli olanaklara sahip laboratuvarlarca kullanılabileceğini düşündürmektedir.