Comparison of Cobas amplicor hepatitis C virus-RNA (HCV-RNA) v2.0 with realart HCV RG RT PCR in quantitation of HCV RNA

Hepatit C virüs -RNA (HCV-RNA) kantitasyonunda Cobas amplicor HCV monitör test v2.0 ile realart HCV RG RT PCR testinin karşılaştırılması

Hatice ŞAHİN, Yazan Rüçhan SERTÖZ, Selda ERENSOY, Ayşın ZEYTİNOĞLU, İmre ALTUĞLU

Abstract

The aim of the study is to compare the performance of Cobas Ampiicor HCV RNA v2.0 (Roche Diagnostics, ABD) with Real Art HCV RG RT PCR (Artus GmbH, Germany) in quantitation of HCV RNA. 70 serum samples of patients with chronic hepatitis C that were admitted to the laboratory for HCV RNA quantitation were included in the study. Samples were tested by two different methods and the results were compared. To assess the reproducibiiity of the test, 6 serum samples were tested in different runs and another six samples in the same run in duplicate. 1/10,1/100,1/1000 and 1/10000 dilutions of serum samples were also quantitated. Twenty-one samples with Cobas Ampiicor and 35 samples with rotorgene were below the level of 500.000 lU/ml. Spearmen correlation'test showed no correlation between the two assays when negative samples were excluded (correlation coefficient= 0.309). The logarithmic difference between the Cobas Ampiicor System and HBV Monitor Realart HCV PCR test ranged between 0.1 and 1.3 (median 0.7, mean 0.7). For the same samples tested in different runs and in the same run logarithmic differences were 0.04,0.3 and 0.01,0.07 respectively. Difference between these results was not significant by Wilcoxon test (z=0.178, p=0.859). In diluted samples regresion in viral load was linear. RealArt HCV RG RT PCR is a reproducible assay with a wide dynamic range of HCV RNA quantitation. Because of the lack of correlation between two assays it is not appropriate to convert the test results of different methods for follow up a patient.

Özet

Bu çalışmada Cobas Ampiicor HCV Monitor (Roche Diagnostics, ABD) ile Real Art HCV RG PCR testinin (Artus GmbH, Almanya) HCV kantitasyonundaki performanslarının karşılaştırılması amaçlandı. Çalışmaya HCV RNA kantitasyonu amacı ile laboratuara gönderilen kronik HCV infeksiyonlu 70 hastaya ait kan örneği alındı. Örnekler iki farklı yöntem ile incelendi ve sonuçlar karşılaştırıldı. Real Art HCV testinin tekrarlanabilirliğinin değerlendirilmesi amacı ile altı örnek farklı testlerde, altı örnek aynı test içerisinde çift çalışıldı, iki örneğin 1/10, 1/100, 1/1000 ve 1/10000 sulandırımları hazırlanarak kantitasyonu yapıldı. Cobas Ampiicor ile 21 örnek, RealArt HCV RG PCR ile 35 örnek 500.000 lU/ml altında bulundu. Negatif değerler çıkartılarak yapılan Spearman korelasyon testinde iki sistem sonuçları arasında korelasyon olmadığı gözlendi (korelasyon katsayısı:0.309). Cobas Ampiicor ile 500.000 lU/ml altında bulunan değerler ile RealArt HCV RG RT PCR testindeki değerler karşılaştırıldığında logaritmik farkın 0.1 ile 1.3 (median 0.7, ortalama 0.7) arasında değiştiği gözlendi. RealArt HCV RG RT PCR yönteminde aynı test içindeki logaritmik fark 0.01 ile 0.07 arasında ve farklı testlerde çalışılan aynı örneklerde ise logaritmik fark 0.04 ile 0.3 arasında saptandı. Wilcoxon testi ile bu örneklerin sonuçları arasında anlamlı bir fark olmadığı saptandı (z=0.178, p=0.859). Yapılan sulandırım çalışmalarında, viral yükteki azalmanın doğrusallık gösterdiği gözlendi. Sonuçlar, RealArt HCV testinin tekrarlanılabilirliği yüksek ve kantitasyona uygun bir yöntem olduğunu göstermiştir. Ancak iki test arasında kantitasyonda bir korelasyon olmadığı gözlenmiş bu da hasta izleminde farklı testlerden elde edilen sonuçların birbirine çevrilmesinin uygun olmadığını göstermiştir.