Determination of an SSR Marker Set to Distinguish Genotypes of DifferentTobacco Classes

Farklı Tütün Tiplerinin Genotiplerini Ayırt Etmek İçin Bir SSR Markör Setinin Belirlenmesi

Abstract

Tobacco is produced as cultivated old varieties or local varieties in Turkey. Seed exchanges among farmers who produce their own seeds lead to different names for the same genotypes in different regions or the same name for different genotypes over time. Thus, an efficient cultivar identification system is required in tobaccos grown in Turkey. This study was carried out to determine a marker set to differentiate different tobacco classes grown in Turkey. A total of 14 genotypes from different tobacco classes, eight local varieties and six registered cultivars, were screened using 21 simple sequence repeats (SSR) markers. Seventeen SSR markers produced polymorphic bands while four markers were monomorphic. Average allele number of the markers was 3.38 and PIC values of the markers ranged from 0.000 to 0.741. In dendrogram established using the marker data, genotypes were separated in four distinct cluster. Clusters were made of Virginia or semi-oriental, tombac, oriental and rustica type genotypes. Genetic fingerprinting analyses grouped the genotypes of similar use classes together. According to the results obtained a marker set of eight SSR markers could efficiently and reliably differentiated the tobacco genotypes of different classes.

Özet

Türkiye'de tütün üretimi eski çeşitler veya yerel çeşitlerle yapılmaktadır. Kendi tohumlarını üreten çiftçiler arasındaki tohumluk değişimleri, aynı genotiplerin farklı bölgelerde farklı isimlerle ya da farklıgenotiplerin zamanla aynı isimlerle kullanılmasına neden olmuştur. Bu nedenle, Türkiye'de yetiştirilen tütünlerdeetkili bir çeşit belirleme sistemine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma, Türkiye'de üretilen farklı tütün sınıflarınıayırt etmek için bir markör seti belirlemek amacıyla yapılmıştır. Farklı tütün sınıflarından sekizi yerel çeşit vealtısı tescilli olmak üzere toplam 14 genotip 21 basit dizi tekrarları (SSR) markörü kullanılarak incelenmiştir. Onyedi SSR markörü polimorfik, dört markör monomorfik bantlar üretmiştir. Markörlerin ortalama allel sayısı 3,38olurken ve PIC değerleri 0,000 ile 0,741 arasında değişmiştir. Markör verileri kullanılarak oluşturulandendogram genotipleri dört gruba ayrılmıştır. Gruplar Virginia veya yarı-oryantal, tömbeki, oryantal ve rusticatipi genotiplerden oluşmuştur. Genetik parmak izi analizleri, benzer kullanım sınıflarının genotiplerini birliktegruplandırmıştır. Elde edilen sonuçlara göre sekiz SSR marköründen oluşturulan bir marker seti, farklı sınıflarıntütün genotiplerini verimli ve güvenilir bir şekilde ayırt edebilmiştir