Antibiotic Resistance in Community-Acquired Escherichia coli Strains Isolated from Urine Culture

İdrar Kültürlerinden İzole Edilen Toplum Kökenli Escherichia coli Suşlarında Antibiyotik Direnci

Abstract

Objective: Urinary tract infection (UTI) is the most common encountered community-acquired bacterial infections in clinic. In this study, it was aimed to investigate resistance profiles of the Escherichia coli strains which are most frequently isolated from the community-acquired UTI, against commonly used antibiotics for empiric therapy. Materials and Methods: Urine samples appropriately taken from patients who were diagnosed as community-acquired UTI were sent to Fırat University Hospital Infectious Diseases laboratory. Totally 222 E. coli strains isolated as the agent of infection within the previous year were included in this study. Each sample was inoculated on 5 % sheep blood agar and Eosin Methylene Blue (EMB) and incubated at 37°C for 18-24 hr. Growth of >=105 cfu/mL was considered as a positive culture result. The bacteria grown on the plates were identified by conventional methods. Antibiotic susceptibility of the isolates were investigated by use of Kirby-Bauer disk diffusion method according to the criteria of Clinical and Laboratory Standards Institute. Results: The most effective antibiotics against E. coli in the study were found fosfomycin, nitrofurantoin, and amikacin, respectively. The highest resistance rates were detected as ampicillin, trimethoprim-sulfamethoxazole, and ceftriaxone, respectively. Conclusion: We need to have a good knowledge about the resistance rates of microorganisms in our country and even in our region when choosing antibiotics for empirical therapy of community-acquired infections. Therefore it is important to investigate local sensitivity rates of most frequently encountered microorganisms in certain periods

Özet

Amaç: Üriner sistem enfeksiyonları (ÜSE), klinikte en sık karşılaşılan toplum kökenli bakteriyel enfeksiyonlardır. Bu çalışmada, toplum kökenli ÜSE etkenlerinden en sık izole edilen Escherichia coli suşlarının özellikle ampirik tedavide sık kullanılan antibiyotiklere karşı direnç durumlarının araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Toplum kökenli ÜSE tanısı konulan hastalardan uygun şartlarda alınan idrar kültürleri Fırat Üniversitesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Laboratuarı'na gönderildi. Son bir yıl içerisinde enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 222 E. coli suşu çalışmaya dahil edildi. İdrar örnekleri %5 koyun kanlı agar ve Eosin Metilen Blue agar besiyerlerine ekilerek 37°C'de 18-24 saat inkübe edildi. İdrarda >105 cfu/mL üreme olması pozitif sonuç olarak kabul edildi. Suşların identifikasyonunda konvansiyonel yöntemler kullanıldı. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Clinical and Laboratory Standards Institute kriterlerine göre Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile araştırıldı. Bulgular: Çalışmada E. coli suşlarına karşı en etkili antibiyotikler sırasıyla; fosfomisin, nitrofurantoin ve amikasin bulundu. Direnç oranı en yüksek olanlar ise sırasıyla; ampisilin, trimetoprim-sulfametoksazol ve seftriakson idi. Sonuç: Toplum kökenli enfeksiyonlarda ampirik tedavide kullanılacak antibiyotikleri seçerken ülkemizde hatta bölgemizde direnç oranlarını iyi bilmemiz gereklidir. Bunun için mikroorganizmaların, özellikle sık karşılaşılan etkenlerin yerel duyarlılıklarının belirli dönemlerde araştırılması önem arz etmektedir