Analiysis of double-stranded RNA for plant viruses diagnosis

Abstract

Many plant viruses have RNA genomes, either single-stranded (ss) or double stranded (ds). In addition, many viruses or virus-like agents found in plant pathogenic fungi have dsRNA genomes. RNA viral genomes are often segmented and the number and size of these segments is often quite diagnosis for a virus, group of viruses. .As a general rale, for positive-sense ssRNA viruses each of these segments is represented in an infected plant either as a population of ssRNAs destined to act as a template for replication, as mRNAs destined to act in protein synthesis, as a viral genomes to be encapsidated, or as equivalent dsRNAs, destined to have been involved intermediaries in replication. In addition to these RNAs there are subgenomic segments of ssRNA which represent less than full-length copies of larger genomic RNA segments, and these are used as mRNA for the translation of spesific proteins that can not be translated directly from the genomic RNAs. The presence number, size and abundance of major and minor dsRNAs for a spesific virus from a collection of measurable properties which are of potential value for diagnosis. The practical value for attempting to detect and discribe these dsRNAs lies in the ease with which they can be isolated and characterized.

Özet

Bir çok bitki virüsü tek kollu (single stranded=ss) veya çift kollu (double stranded=ds) RNA (Ribonükleikasit) genomlarına sahiptir. Ayrıca bitkilerde patojen olan funguslann yapısında dsRNA genomlarına sahip bir çok virüs ve viriis-benzeri yapıların olduğu bilinmektedir. RNA viral genleri genellikle segmentlidir ve bu segmentîerin sayısı ve büyüklüğü bir virüsün yada virüs grubunun tanısında kullanılır. Genelde, positif sens ssRNA virüsleri için, bu segmentlerden her biri replikasyon için bir eş (template) olarak rol oynayan ssRNA populasyonları olarak, protein sentezinde rol oynayan mRNA olarak, örtü proteini viral genleri ya da ekivalent dsRNA replikasyonda ara form olarak infekteli bitki içinde oluşturulurlar. Bu RNA'lara ilaveten genomik RNA'lardan daha küçük olan subgenomik ssRNA'lar vardır ve bunlar spesifik bazı proteinlerin yapımı için kullanılan mRNA'lar olarak görev yapmaktadırlar. Bu spesifik proteinler direkt olarak genomik RNA'lardan elde edilemezler. Bilinen genomik ve subgenomik RNA'lardan kaynaklanan dsRNA'lann varlığı, sayısı, büyüklüğü bir virüsün tanısı için belirlenebilen özelliklerin bir formu olarak potansiyel tamlama değerleridir. Bu dsRNA'ları tanılamada birinci koşul onların izole edilmesi ve karakterize edilmesi kolaylığına dayanmaktadır