Journals / Çukurova Tarım ve Gıda bilimleri dergisi (Online) / 2021 / Cilt: 36 - Sayı: 1
The Complete Genome of Turkish Turnip Mosaic Virus Isolate Infecting Okra
- Pages
- 139–148
- DOI
- —
Abstract
Turnip mosaic virus (TuMV) causes economic damage to its hosts worldwide. In recent studies conducted in the world, it was determined that the TuMV infects okra besides the plants in Brassicaceae family. In this study, the complete genome sequence analysis of a TuMV isolate infecting okra was performed. The multiple sequence comparisons with world isolates showed that the okra isolate had 77–93% and 89–97% similarities at the nucleotide and amino acid levels, respectively. Moreover, it was found that the okra TuMV isolate was included in the basal-B phylogenetic group. With this study, the molecular characterization of a TuMV isolate infecting okra in Turkey was carried out for the first time at the complete genome level.
Özet
Turnip mosaic virus (TuMV) dünyada konukçusu olduğu bitkilerin yetiştirildiği bölgelerde ekonomik düzeyde zarara neden olmaktadır. Dünyada son yıllarda yapılan bir çalışmada virüsün Brassicaceae familyasındaki bitkilerin dışında bamyayı da enfekte ettiği belirlenmiştir. Bu çalışma kapsamında bamyayı enfekte eden bir TuMV izolatının tüm genom dizi analizi yapılmıştır. Genom dizilimi belirlenen bamya TuMV izolatının diğer ülkelerdeki izolatlar ile karşılaştırılması sonucunda nükleotit düzeyinde %77-93, amino asit düzeyinde ise %89-97 oranında benzerliklere sahip olduğu bulunmuştur. Filogenetik analizler sonucunda ise bamya TuMV izolatının basal-B filogenetik grubunda yer aldığı görülmüştür. Bu çalışma ile ülkemizde ilk defa bamyayı enfekte eden bir TuMV izolatının genom düzeyinde moleküler karaktezasyonu gerçekleştirilmiştir.