Diagnosis of Fusarium Species in Garlic Cultivation Areas in Gaziantep Province

Balıkesir ve Uşak İlleri Tütün Ekim Alanlarında Potyvirus İzolatlarının Belirlenmesi ve Karakterizasyonu

Abstract

Garlic (Allium sativum L.) is an important crop for Gaziantep and Turkey. The aim of this study was to identify the Fusarium species that caused serious crop losses in the garlic cultivation areas of Gaziantep. A sampling was conducted in garlic cultivation areas in April of 2018 and 2019. Fusarium spp. were diagnosed according to their cultural and morphological characteristics as Fusarium oxysporum, F. poae, F. proliferatum, F. sporotrichoioides, F. semitectum and F. verticillioides. From pathogenicity test, all identified species were found to be pathogenic to the host plant garlic.

Özet

Tütünlerde enfeksiyona neden olan çok sayıda viral etmen mevcuttur. Bunlar arasından potyvirüsler oldukça yaygın olup, tütünlerde enfeksiyonlar meydana getiren en önemli üyelerinden bir tanesi de Patato virus Y (PVY)’dir. Ülkemizde ise potyvirus ve PVY izolatlarının tütün üretim alanlarındaki enfeksiyonuna yönelik çalışmalar oldukça sınırlıdır. Gerçekleştirilen bu çalışma kapsamında Balıkesir ve Uşak illeri tütün üretim alanlarından simptomatik 71 örnek alınmıştır. Alınan örnekler potyvirus dejenere primerleri kullanırak RT-PCR yöntemi ile testlenmiştir. Testlemeler sonucunda 10 örnekte potyvirus enfeksiyonu tespit edilmiştir. Elde edilen potyvirus izolatlarının tür düzeyinde tanılanması amacı ile yapılan dizileme çalışmaları sonucunda 9 PVY izolatı belirlenmiştir. Bir izolat ise tam olarak tür düzeyinde tanılanamamakla birlikte Leek yellow stripe virus (LYSV) izolatları ile % 75’e kadar benzerlik göstermiştir. PVY İzolatlarının benzerlik analizleri sonucunda genel olarak kendi içlerinde yüksek oranda dizi homolojisi gösterdiği belirlenmiştir. Filogenetik analizler sonucunda 7 izolat N streynleri ile kümelenirken, 2 izolat ise rekombinasyon göstermeyen izolatların dışında kaldığı saptanmıştır.