Whole genome molecular characterization of Infectious Pancreatic Necrosis Viruses isolated in Turkey

Türkiye’den izole edilen İnfeksiyöz Pankreatik Nekrozis Viruslarının tüm genom moleküler karakterizasyonu

Abstract

Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV; Birnaviridae, Aquabirnavirus) causes infectious pancreatic necrosis(IPN) in fish. IPN disease was first found in 2002 in Turkey. In this study, 10 IPNV isolates were isolated between 2005 and 2013 andpropagated in RTG-2 cell cultures. RNAs obtained from cell lysates were used as template and VP1, VP2, VP3, VP4 and VP5 genesof the virus were amplified in full length. Sequence analyses of the genes were made. The obtained sequences were compared withinternational reference strains from GenBank and phylogenetic analyses and genogrouping of the viruses were conducted. Turkishisolates were found to show a genetic similarity of between 93.5% and 99.8% in terms of molecules. When segment A sequences werecompared with each other, a similarity between 97.8% and 99.8% was found; when they were compared with international referencestrains, they were found to have the highest similarity (99.3%) with France AJ622822 isolate and the lowest (65.7%) similarity withCanada NC001915 isolate. When segment B sequences of the isolates were compared with each other, a similarity between 93.5% and99.5% was found; when they were compared with international reference strains, they were found to have the highest similarity (98.9%)with Canada M58757 isolate and the lowest (52.7%) similarity with Finland KY548519 strain. As a result of phylogenetic analysesconducted, Turkish isolates were found to be closely related with France, Spain and Iran strains in serotype A2 and genogroup 5 theywere placed in.

Özet

İnfeksiyöz pankreatik nekrozis virusu (IPNV; Birnaviridae, Aquabirnavirus) balıklarda infeksiyöz pankreatik nekrozis (IPN) hastalığını oluşturmaktadır. IPN hastalığı Türkiye’de ilk kez 2002 yılında tespit edilmiştir. Bu çalışmada 2005 ve 2013 yılları arasında izolasyonu yapılan 10 adet IPNV izolatı RTG-2 hücre kültürlerinde üretildi. Hücre lizatlarından elde edilen RNA’lar kalıp olarak kullanılarak virusun VP1, VP2, VP3, VP4 ve VP5 genleri tam uzunlukta amplifiye edildi. Genlerin dizi analizleri gerçekleştirildi. Elde edilen sekanslar GenBank’tan sağlanan uluslararası referans suşlar ile karşılaştırılarak virusların filogenetik analizleri ve genogruplandırılmaları yapıldı. Türkiye izolatlarının moleküler yönden % 93,5 ile % 99,8 oranında genetik benzerlik gösterdiği saptandı. Segment A sekansları kendi aralarında % 97,8 ile % 99,8 oranında, uluslararası referans suşlarla karşılaştırıldığında ise en yüksek oranda (% 99,3) Fransa AJ622822 izolatı ile en düşük oranda (% 65,7) Kanada NC001915 izolatı ile benzerlik bulundu. Segment B sekansları kendi aralarında % 93,5 ile % 99,5 oranında, uluslararası referans suşlarla karşılaştırıldıklarında ise en yüksek oranda (% 98,9) Kanada M58757 izolatı ile en düşük oranda (% 52,7) Finlandiya KY548519 suşu ile benzerlik bulundu. Yapılan filogenetik analizler sonucunda Türkiye izolatlarının serotip A2 ve genogrup 5 içinde yerleştikleri Fransa, İspanya ve İran suşları ile yakın ilişkili oldukları belirlendi.