Genetic Diversity in Çine Çaparı Sheep Under Conservation

Abstract

The aim of this study was to determine within breed genetic diversity in endangered Çine Çaparı sheep by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers and to obtain genetic similarities and distances among animals within flock and between flocks. Seventy-two animals from flocks were genotyped with 24 arbitrary primers. Genetic similarities between and within flocks were investigated. Forty-seven polymorphic bands obtained from 15 primers that showing polymorphism. The genetic similarities between individuals within flock are between 0.4468 and 0.8511 for ADÜ-ÇÇKP conservation flock, 0.4894 and 0.8723 for EA flock, and 0.5745 and 0.8723 for MV flock. Genetic distances were between 0.1613 and 0.8056 for ADÜ-ÇÇKP flock, 0.1366 and 0.7147 for the EA flock, and 0.1366 and 0.5543 for the MV flock. The similarities between flocks were between 0.8439 and 0.9037 and, genetic distances were between 0.0902 and 0.1698. As result, the similarity was highest between ADU-ÇÇKP conservation flock and the flock in Tatarmemişler than the flock in Dereköy village. This may be stem from higher animal flow between ADÜ-ÇÇKP conservation flock and flock in Tatarmemişler village. Mean genetic similarity between animals within flock were highest for MV flock. This finding is supported also by fixation of frequency ofnearly one-third ofthe loci in MV flock.

Özet

Bu araştırma, soyu tükenme eğiliminde olan yerli gen kaynağı Çine Çaparı koyun ırkında ırk içi çeşitliliğin mevcut durumunun DNA düzeyinde rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA (RAPD) belirteçleri ile ortaya konması yanında mevcut sürüler içi ve sürüler arası genetik benzerlik ve uzaklıkların tanımlanması amacıyla yapılmıştır. Mevcut üç Çine Çaparı sürüsünden seçilen 72 baş hayvanda toplam 24 primer kullanılarak genotipleme yapılmıştır. Toplam 24 adet primerden 15 adedi polimorfik bant vermiş ve bunlardan elde edilen toplam polimorfik bant sayısı 47 olmuştur. Analizler sonucunda sürü içi bireyler arası genetik benzerlikler; ADÜ-ÇÇKP sürüsünde 0.4468 ile 0.8511 arasında, EA sürüsünde 0.4894 ile 0.8723 arasında ve MV sürüsünde 0.5745 ile 0.8723 arasında bulunmuştur. Sürü içi bireyler arası genetik uzaklıklar ise, ADÜ-ÇÇKP sürüsünde 0.1613 ile 0.8056, EA sürüsünde 0.1366 ile 0.7147 arasında ve MV sürüsünde 0.1366 ile 0.5543 arasında bulunmuştur. Sürüler arası genetik benzerlikler 0.8439 ile 0.9037 arasında, genetik uzaklıklar ise 0.0902 ile 0.1698 arasında bulunmuştur. Bu sonuçlara göre ADÜ-ÇÇKP sürüsü ile EA sürüsündeki hayvanlar genetik benzerlik bakımından MV sürüsüne oranla birbirlerine daha yakın bulunmuşlardır. Bu sonucun elde edilmesinde ADÜ-ÇÇKP sürüsü ile EA sürüsü arasında Çine Çaparı koç transferinin olması büyük önem taşımaktadır. Sürü içi hayvanlar arası ortalama genetik benzerlik MV sürüsünde en yüksek değeri almıştır. Bu bulgu MV sürüsündeki lokusların üçte birinin sabitlenmesi sonucu ile de desteklenmektedir.