How to control of the workspace environment in the molecular microbiology laboratory?

Abstract

Objective: Cross-contamination with the product of “in vitro amplification reactions (IVAR)” can cause false positive results in laboratory tests. This study is a more seriously problem for molecular microbiology laboratories. In the recent, although many sources can be obtained about good clinical laboratory practices (GCLP) for molecular microbiology laboratories, specific research is needed how to control of the workspace environment. The aim of this study, it is shared our laboratory experiences about control of the workspace environment for molecular microbiology laboratories. Methods: In the scope of the quality management system (QMS) based on TS EN ISO 15189 standard in “Public Health General Directorate, Department of Microbiology Reference Laboratories, National Molecular Microbiology Referans Laboratory (NMMRL)”, it was dealed how to control of the work space environment in the molecular microbiology laboratory for the first time, and it was optimized in the laboratory conditions. These experiments were conducted in accordance with laboratory safety and as a result an instruction (coded ÇT03 / MRLDB-06, dated 15.11.2014/01) was formed. In this instruction, nine areas have been identified in our laboratory for the control of the laboratory workspace environment, how these samples will be taken from these areas, how these samples will be tested, how the results will be assessed and how they will be recorded have been described in detail. The samples from the selected areas were analyzed with the sequence-based 16S rRNA assay optimized in our laboratory. Results: According to the instructions of ÇT03 / MRLDB-06 within the scope of QMS based on TS EN ISO 15189 standard, nucleic acid contamination were not found in none of the samples taken from selected areas in NMMRL workspace environment control studies. The results obtained are recorded using the relevant quality forms. Conclusion: Periodic control of the workspace environment in the molecular microbiology laboratory is required to prevent cross contamination or nucleic acid contamination. Today, control of IVAR products is getting more and more important, and laboratory accreditation organizations demand the control of the workspace environment in clinical laboratories for certification. We believe that this study can be useful when discussing workspace environment control and laboratory safety issues in molecular microbiology laboratories and preparing instructions for their own needs in this regard.

Özet

Amaç: Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında invitro amplifikasyon reaksiyonu (IVAR, İn vitro AmplifikasyonReaksiyonları) ürünleri ile çapraz kontaminasyon, çalışılantestlerde yanlış pozitifliğe neden olabilir. Bu durum,moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında çok ciddibir problemdir. Günümüzde moleküler mikrobiyolojilaboratuvarlarında iyi klinik laboratuvar uygulamaları(GCLP, Good Clinical Laboratory Practice) ile ilgili pekçok kaynak mevcut olmasına rağmen ortam kontrolününnasıl yapılacağı hususunda halen özgün araştırmalaraihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmanın amacı, molekülermikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolünün nasılyapılabileceği konusunda edindiğimiz tecrübelerinpaylaşmaktır.Yöntem: Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü, MikrobiyolojiReferans Laboratuvarları Daire Başkanlığına bağlı,“Ulusal Moleküler Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarı(UMMRL)”nda, TS EN ISO 15189 standardına dayalıkalite yönetim sistemi (KYS) kapsamındaki, kalite veakreditasyon çalışmalarında ilk kez moleküler mikrobiyolojilaboratuvarında ortam kontrolünün nasıl yapılacağıhususu ele alınmış ve laboratuvar koşullarında optimizeedilmiştir. Söz konusu çalışmalar; laboratuvar güvenliğineuygun olacak şekilde yürütülmüş ve sonuç olarak birtalimat (ÇT03/MRLDB-06 kodlu ve 15.11.2014/01 tarihli)haline getirilmiştir. Bu talimatta, laboratuvarımızdakiçalışma ortamının kontrolü için, dokuz alan belirlenmiş,bu alanlardan ne şekilde örnek alınacağı, bu örneklerinnasıl test edileceği, sonuçların nasıl değerlendirileceği vekayıt edileceği detaylı bir şekilde tarif edilmiştir. Seçilenalanlardan alınan örnekler, laboratuvarımızda optimizeedilen sekans bazlı 16S rRNA testi ile analiz edilmiştir.Bulgular: ÇT03/MRLDB-06 talimatı uyarınca,UMMRL’deki TS EN ISO 15189 standardına dayalı KYSkapsamındaki ortam kontrolü çalışmalarında, UMMRL’dekiortam kontrolü incelemelerinde, seçili alanlardan alınanörneklerin hiçbirinde nükleik asit kontaminasyonunarastlanmamıştır. Elde edilen sonuçlar, ilgili kalite formlarıkullanılarak kayıt altına alınmıştır.Sonuç: Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarındaçapraz bulaş ya da nükleik asit kontaminasyonununönlenmesi için periyodik olarak ortam kontrolününyapılması gereklidir. Günümüzde IVAR ürünlerinin kontrolügiderek önem kazanmakta ve laboratuvar akreditasyonkuruluşları sertifikasyon için klinik laboratuvarlarda, ortamkontrolünün sağlanmasını istemektedirler. Bu çalışmanın,moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında ortamkontrolü ve laboratuvar güvenliği konularını ele alınırkenve bu konularda kendi ihtiyaçlarına yönelik talimatlaroluşturulurken yararlı olabileceği kanaatindeyiz.