Journals / Turkish Journal of Fisheries and Aquatic Sciences / 2011 / Cilt: 11 - Sayı: 4
Güney pisibalığının (Paralichthys lethostigma) büyüme hormonundaki cdna (tamamlayıcı dna) üzerinde klonlama, sekans tanımlanmasıve filogenetik analizler
- Pages
- 529–537
- DOI
- —
Abstract
The full-length cDNA encoding growth hormone (PLGH) of Southern flounder (Paralichthyslethostigma) was cloned by Switching Mechanism At 5' end of the RNA Transcript (SMART) RACE. The sequence was 902 nucleotides long, coding a polypeptide of 190 amino acids and a signal peptide of 17 amino acids. The 5’ and 3’ UTR of the messenger RNA were 131 and 198 nucleotides long respectively. After alignment of the deduced amino acid sequence with other Pleuronectiformes species, a consecutive absence of 14 amino acids segment in the C-terminal was found in all three species ofParalichthyidae. It can be proved that GHs of Paralichthyidae have the shortest length in Pleuronectiformes species. Homology analysis of PLGH cDNA showed the highest score with Paralichthysorbignyanuand the lowest score with Soleasenegalensis. The phylogenetic analysis on complete GH ORF sequences was performed with the maximum parsimony method. In the topology founded, the species fell into three groups: Soleoidei,Paralichthyidae and Pleuronectidae. The exclusive species ofSoleoidei selected in this work,Soleasenegalensis formed an independent branch and showed relatively high mean difference with Paralichthyidae and Pleuronectidae. The results of phylogenetic analysis based on the GH ORF sequences were consistent with the earlier results based on 12S, 16S rDNA and mitochondrial DNA sequences within Pleuronectiformes species, which would suggest the potential credible application of GH ORF sequences in Pleuronectiformes phylogeny.
Özet
Pisibalığının(Paralichthyslethostigma) DNA’sından sentezlenen (SMART) RACE RNA’nın 5’ ucunda büyüme hormonundan (PLGH) kodlanan cDNA, anahtar mekanizması ile klonlanmıştır. Sekans, 190 amino asitli polipeptid kodlayan 902 nükleotidli, 17 amino asitli tek bir peptidtir. Messenger RNA’nın dönüşmeyen bölgesinin (UTR; untranslatedregion) 5’ ve 3’ uçları sırasıyla 131 ve 198 nükleotidlidir. Çıkarılabilir amino asit sekanslarının diğer Pleuronectiformes türleri ile birlikte sıralanmasından sonra, Paralichthyidae’nın üç türünün tümünde de C ile sonlanan ardışık 14 amino asit segmentinin olmadığı bulundu. Pleuronectiformes türleri arasında Paralichthyidae’nın büyüme hormonunun (GH) en kısa boya sahip olduğu kanıtlanabilir. Benzer analizler, PLGH’nincDNA’sınınParalichthysorbignyanu’da en yüksek skora, Soleasenegalensis’de en düşük skora sahip olduğunu göstermiştir. Büyüme hormonunun ORF (açık okuma çerçevesi) sekansının tamamında filogenetik analizler maksimum sadeleştirilmiş metot kullanılarak yapılmıştır. Topolojide türler üç gruba ayrılır: Soleoidei,Paralichthyidae ve Pleuronectidae. Bu çalışmada Soleoidei’nin en seçkin türü seçilmiş, Soleasenegalensis, bağımsız bir sınıf oluşturmuş ve Paralichthyidae ve Pleuronectidae’dan nispeten yüksek bir ortalama fark göstermiştir. Büyüme hormonunun (GH) ORF sekansına dayalı filogenetik analizlerin sonuçları, Pleuronectiformesfilogenide büyüme hormonunun (GH) ORF sekansındaki güvenilir potansiyel uygulamaları öneren Pleuronectiformes türlerinin 12S, 16S rDNA ve mitokondrial DNA sekanslarının daha önceki sonuçları ile örtüşmektedir.