mRNA ekspresyon düzeylerinin kümeleme analizi fokal serebral iskemi sonrasında çoklu dizisel paternler tanımlamaktadır

Cluster analysis of mRNA expression levels identifies multiple sequential patterns following focal cerebral ischemia

Abstract

AIm: The purpose of this study is to detect gene expression patterns following focal cerebral ischemia. MaterIal and Methods: 25 male Wistar rats were divided into control (n = 8) and ischemic (n = 17) groups. In the ischemic group, slowly progressing focal ischemia was simulated by two-vein occlusion with spreading depression (SD) a cortical microinjection of KCl induced. Ischemic tissue was removed at 2, 8, 24, or 72 h postischemia. Using semiquantitative reverse transcription polymerase chain reaction, we investigated mRNA expression levels of 13 representative genes related to cerebral ischemia. Cluster analysis of the gene expression levels was done. Results: In the ischemic group, the expression levels of c-fos, cyclin D1, and COX-2 were significantly higher at 2 h postischemia, and those of bcl-2, bcl-xL, and HO-1 at 72 h. Based on the cluster analysis, we statistically divided examined genes into three groups: group A, early expression (COX-2, c-fos, and bcl-2); group B, s expression (c-jun, SOD-1, bad, p53, SOD-2, bcl-xL, and bax); and group C, late expression (cyclin D1, c-myc, and HO-1). ConclusIon: We statistically classified the genes into three groups after focal ischemia. The genes of the early- and late-expression groups can be possible therapeutic targets for the treatment of cerebral ischemia.

Özet

AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, fokal serebral iskemi sonrasında gen ekspresyonu paternlerini çalışmaktı. YÖNTEM ve GEREÇLER: 25 erkek Wistar sıçanı kontrol (n = 8) ve iskemik (n = 17) gruplarına bölündü. İskemik grupta yayılan depresyon (SD) ve kortikal KCl mikroenjeksiyonu yoluyla iki damar oklüzyonu simüle edildi. İskemik doku, iskemiden 2, 8, 24 veya 72 saat sonra çıkarıldı. Semikantitatif revers transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu kullanarak serebral iskemiyle ilişkili 13 temsili genin mRNA ekspresyon düzeyini inceledik. Gen ekspresyonu düzeylerinin kümeleme analizi yapıldı. BULGULAR: İskemik grupta c-fos, siklin D1 ve COX-2 ekspresyon düzeyleri iskemiden sonra 2 saatte önemli ölçüde yüksekti ve bcl-2, bcl-xL ve HO-1 ekspresyon düzeyleri 72 saat önemli ölçüde yüksekti. Kümeleme analizi temelinde incelenen genleri üç gruba ayırdık: Grup A erken ekspresyon (COX-2, c-fos, ve bcl-2); Grup B, stabil ekspresyon (c-jun, SOD-1, bad, p53, SOD-2, bcl-xL, ve bax); ve Grup C, geç ekspresyon (cyclin D1, c-myc, ve HO-1). SONUÇ: Genleri fokal iskemiden sonra istatistiksel olarak üç grupta sınıflandırdık. Erken ve geç ekspresyon gruplarının genleri serebral iskemi tedavisinde olası terapötik hedefler olabilir.