Determination of Polymorphisms in IGF-I and NPY Candidate Genes Associated with Egg Yield in Pure LayersChicken Lines Reared in the Ankara Poultry Research Institute

Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi

TAKİ KARSLI,MURAT SONER BALCIOĞLU,EYMEN DEMİR,Hüseyin Göktuğ FİDAN,MEHMET ASLAN,SEDAT AKTAN,Serdar KAMANLI,KEMAL KARABAĞ,EMİNE ŞAHİN

Abstract

Insulin-like factor-I (IGF-I) and neropeptide Y (NPY) are candidate genes related with reproductive traits in chicken. The aim of the present study, were to determine polymorphisms the IGF-I (5' untranslated region) and NPY genes in pure layer lines reared Ankara Poultry Research Institute by using PCR-RFLP method. For this purpose, 621 and 248 bp fragments were amplified for IGF-I and NPY genes, respectively. The PCR products were digested with PstI and DraI restriction enzymes, respectively, to detect of single nucleotide polymorphism (SNP) on IGF-I and NPY genes. All pure chicken lines were found polymorphic except Black and D-229 lines for the IGF-I gene. While the frequency of A allele ranged from 0.344 (COL)and 0.906 (RIRII) in brown layer pure lines for IGF-I gene, in white layer pure lines were found in the range between 0.781 (Maroon) and 1.000 (D-229, Brown). While all brown pure layer chicken lines were polymorphic for NPY gene in this research, only Maroon line was found monomorphic in white layer chicken lines. The frequency of the T allele for NPY gene ranged between 0.200 (BARI) and 0.985 (COL) in brown layers and between 0.397 (D-229)and 1.000 (Maroon) in white layers. According to applied chi-square test, no deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was observed in polymorphic populations. As a result, polymorphisms were shown for the first time for IGF-I and NPY genes in pure layer lines reared at the Ankara Poultry Research Institute.

Özet

İnsülin benzeri büyüme faktörü-I (IGF-I) ve nöropeptid Y (NPY) tavuklarda üreme özellikleri ile ilişkili aday genlerdir. Bu çalışmanın amacı Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde yetiştirilen yumurtacı saf hatlarda IGF-I ve NPY genlerindeki polimorfizmlerin PCR-RFLP yöntemi kullanılarak belirlenmesidir. Bu amaçla IGF-I (5' untranslated region) ve NPY genleri için sırasıyla 621 ve 248 bç büyüklüğündeki bantlar çoğaltılmıştır. PCR ürünleri IGF-I ve NPY genleri üzerindeki tek nükleotid polimorfizmlerini (SNP) belirlemek için sırasıyla PstI ve DraI restriksiyon enzimleri ile kesildi. IGF-I geni için Brown ve D-229 dışındaki tüm hatlar polimorfik bulunmuştur. Kahverengi yumurtacı saf hatlarda IGF-I geni için A allelinin frekansı 0,344 (COL) ile 0,906 (RIRII) aralığında değişirken, beyaz yumurtacı saf hatlarda 0,781 (Maroon) ile 1,000 (D-229, Brown) aralığında bulunmuştur. Bu çalışmada NPY geni için tüm kahverengi yumurtacı saf hatlar polimorfik iken, beyaz yumurtacı tavuk hatlarında sadece Maroon hattı monomorfik bulunmuştur. NPY geni için T allelinin frekansı kahverengi yumurtacılarda 0,200 (BARI) ile 0,985 (COL), beyaz yumurtacılarda ise 0,397 (D-229) ile 1,000 (Maroon) aralığında değişmiştir. Uygulanan ki-kare testine (?2 ) göre polimorfik populasyonlarda Hardy-Weinberg dengesinden sapma gözlenmemiştir. Sonuç olarak Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü'nde yetiştirilen yumurtacı saf hatlarda IGF-I ve NPY genlerindeki polimorfizmler ilk kez gösterilmiştir.