Distribution of Clinical Isolates at Species Level and Their Antibiotic Susceptibilities in Intensive Care Units Patients

Yoğun Bakım Ünitelerinde Yatan Hastalara Ait Klinik İzolatların Tür Dağılımı ve Antibiyotik Duyarlılıkları

Abstract

Objective: Intensive care units are a hospital’s section where hospital infections and resistant microorganisms are most commonly seen. In this study it was aimed to determine the microorganisms which were isolated from various clinical specimens of the patients in intensive care units for a year and antibiotic susceptibility of the microorganisms. Materials and Methods: MALDI TOF MS and BD Phoenix system were used for the identification of bacteria, antibiotic sensitivities were evaluated by Kirby-Bauer disk diffusion method and BD Phoenix system in accordance with the Clinical and Laboratory Standards Institute recommendations. Results: In this study, a total of 1163 microorganisms were obtained; 575 (49.4%) gram-negative bacteria (GNB), 556 (47.8%) gram-positive bacteria (GPB) and 32 Candida spp. (2.7%). Strains were produced from blood (488), urine (233), respiratory tract (224), sterile body fluid (88), wounds (68) and catheter samples (62). The most frequently isolated GNBs were found to be Acinetobacter baumannii 131 (11.2%), Klebsiella pneumoniae 109 (9.3%), Escherichia coli 91 (7.8%) in order of frequency. Extended-spectrum beta-lactamase production was observed in 16 E. coli, 29 Klebsiella spp. Carbapenem resistance was identified in 132 Acinetobacter spp., 27 Pseudomonas spp., 14 K. pneumoniae, 1 E. coli. For Pseudomonas strains, ciprofloxacin and amikacin; for Acinetobacter strains, amikacin and colistin; for Escherichia and Klebsiella strains, amikacin and imipenem were determined as the most effective antibiotics. The most frequently isolated GPBs were 351 (30%) coagulase-negative staphylococci (CNS) (192 S. epidermidis), 111 (9.5%) Enterococcus spp. (67 Enterococcus faecalis), 55 Staphylococcus aureus, respectively. While Methicillin resistance was determined in 7 S. aureus and 191 CNS; vancomycin resistance was detected in 3 Enterococcus faecium strains. The most effective antibiotics against S. aureus and Enterococcus spp. strains were identified as linezolid, vancomycin, and teicoplanin. Conclusion: It will be useful if every center arranges the treatment protocols according to their microorganism distribution and resistance profiles to fight against resistant microorganisms.

Özet

Amaç: Yoğun bakım üniteleri, hastane enfeksiyonlarının ve dirençli mikroorganizmaların en yaygın görüldüğü hastane bölümleridir. Bu çalışmada; bir yıllık dönemde yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalara ait çeşitli örneklerden izole edilen mikroorganizmaların tür dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bakterilerin tanımlanmasında MALDİ TOF MS ve BD Phoenix sistemi kullanılmış, antibiyotik duyarlılıkları Kirby Bauer disk difüzyon yöntemi ve BD Phoenix sistemi kullanılarak “Clinical and Laboratory Standards Institute” önerileri doğrultusunda değerlendirilmiştir. Bulgular: Bu çalışmada 575 (%49,4) gram negatif bakteri (GNB), 556 (%47,8) gram pozitif bakteri (GPB) ve 32 (%2,7) Candida spp. olmak üzere toplam 1163 mikroorganizma elde edilmiştir. Suşların 488’i kan, 233’ü idrar, 224’ü solunum yolu, 88’i steril vücut sıvısı, 68’i yara, 62’si kateter örneğinden üretilmiştir. En sık izole edilen GNB’ler sıklık sırasına göre; 131 (%11,2) Acinetobacter baumannii, 109 (%9,3) Klebsiella pneumoniae, 91 (%7,8) Escherichia coli olarak belirlenmiştir. Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz üretimi 16 E. coli, 29 Klebsiella spp.’de saptanmıştır. Karbapenem direnci 132 Acinetobacter spp., 27 Pseudomonas spp., 14 K. pneumoniae, bir E. coli suşunda saptanmıştır. Pseudomonas cinsine amikasin ve siprofloksasin, Acinetobacter cinsine amikasin ve kolistin, Escherichia ve Klebsiella cinslerine ise amikasin ve imipenem en etkili antibiyotikler olarak tespit edilmiştir. En sık izole edilen GPB’ler sıklık sırasına göre; 351 (%30) koagülaz negatif stafilokok (KNS) (192 S. epidermidis), 111 (%9,5) Enterococcus spp. (67 Enterococcus faecalis), 55 Staphylococcus aureus olarak belirlenmiştir. Metisilin direnci yedi S. aureus, 191 KNS’de, vankomisin direnci ise üç Enterococcus faecium suşunda saptanmıştır. S. aureus ve Enterococcus suşlarına karşı en etkili antibiyotikler linezolid, vankomisin ve teikoplanin olarak belirlenmiştir. Sonuç: Her merkezin kendi mikroorganizma dağılımı ve direnç durumlarını belirleyerek bu doğrultuda tedavi protokollerini düzenlemesi dirençli mikroorganizmalarla mücadelede fayda sağlayacaktır.