Molecular Analysis of Five Centaurea Species Found in Van Province and Determination of Taxonomic Position of Centaurea depressa

Van İlinde Bulunan Centaurea Cinsine Ait Beş Türün Moleküler Analizi ve Centaurea depressa’ nın Taksonomik Pozisyonunun Belirlenmesi

Abstract

In this study, the phylogenetic relationships of five different Centaurea species (C. depressa, C. virgata, C. iberica, C. solstitialis and C. balsamita) that naturally occur in the campus of Van Yüzüncü Yıl University were studied to understand their relationship at taxonomic levels. The transfer of C. depressa species into the genus Cyanus was tested by molecular data and discussed. As molecular markers, ITS region of nuclear DNA and matK region of chloroplast DNA, the frequently preferred regions for evolutionary studies were used. Additional sequences were taken from the NCBI database to confirm the diagnosis of studied species and to show relationships between them. The ITS region including ITS1, 5.8S and ITS2 subregions was about 630 base pair, matK region that is entirely composed from exon was about 1200 base pair. More than 100 variation sites in ITS and 24 variations in matK were observed. C. balsamita, not the species transferred into the Cyanus genus (C. depressa), was located evolutionarily distant in the constructed tree based on ITS and matK DNA sequences together. When these results are taken into consideration, removing of C. depressa species from Centaurea and transferring into Cyanus genus were not supported with the molecular data.

Özet

Bu çalışmada, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi kampüsünde doğal olarak yetişen Centaurea cinsine ait beş farklı türün (C. depressa, C. virgata, C. iberica, C. solstitialis ve C. balsamita) filogenetik ilişkileri çalışılarak taksonomik açıdan akrabalık dereceleri belirlenmeye çalışılmıştır. Ayrıca, bazı araştırmacılar tarafından C. depressa türünün Cyanus cinsi içerisine aktarılmasının moleküler seviyede desteklenip desteklenmediği de tartışılmıştır. Moleküler belirteç olarak, evrimsel çalışmalarda en fazla tercih edilen ve nüklear DNA’da bulunan ITS ve kloroplast DNA’da bulunan matK bölgeleri kullanılmıştır. Çalışılan türlerin teşhisinden emin olmak ve daha önceki çalışılan türlerle olan ilişkilerini de göstermek için NCBI veritabanından ilave sekanslar alınmıştır. ITS bölgesi ITS1, 5.8S ve ITS2 alt bölgelerini kapsamakta olup yaklaşık 630 baz çifti, matK bölgesi ise tamamen ekson bölgesinden oluşan yaklaşık 1200 baz çifti uzunluğundadır. ITS bölgesinde 100’den fazla, matK bölgesinde ise 24 nükleotit varyasyonu görülmüştür. ITS ve matK bölgeleri dizileri birleştirilerek yapılandırılan UPGMA ağacında, Cyanus cinsine transfer edilen C. depressa değil, C. balsamita türü evrimsel olarak uzak konumlanmıştır. Bu sonuçlar dikkate alındığında C. depressa türünün Centaurea cinsten çıkarılarak Cyanus cinsine aktarılması moleküler seviyede desteklenememiştir.