A Rarely Isolated Bacterium in Microbiology Laboratories: Streptococcus uberis

Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında Nadir İzole Edilen Bir Etken: Streptococcus uberis

Abstract

Streptococcus uberis is a gram-positive bacterium that is mostly responsible for mastitis in cattle. The bacterium rarely has been associated with human infections. Conventional phenotyphic methods can be inadequate for the identification of S.uberis; and in microbiology laboratories S.uberis is confused with the other streptococci and enterococci isolates. Recently, molecular methods are recommended for the accurate identification of S.uberis isolates. The aim of this report is to present a lower respiratory tract infection case caused by S.uberis and the microbiological methods for identification of this bacterium. A 66-year-old male patient with squamous cell lung cancer who received radiotherapy was admitted in our hospital for the control. According to the chest X-Ray, patient was hospitalized with the prediagnosis of ''cavitary tumor, pulmonary abscess''. In the first day of the hospitalization, blood and sputum cultures were drawn. Blood culture was negative, however, Candida albicans was isolated in the sputum culture and it was estimated to be due to oral lesions. After two weeks from the hospitalization, sputum sample was taken from the patient since he had abnormal respiratory sounds and cough complaint. In the Gram stained smear of the sputum there were abundant leucocytes and gram-positive cocci, and S.uberis was isolated in both 5% sheep blood and chocolate agar media. Bacterial identification and antibiotic susceptibility tests were performed by VITEK 2 (Biomerieux, France) and also, the bacterium was identified by matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDITOF MS) based VITEK MS system as S.uberis. The isolate was determined susceptible to ampicillin,erythromycin, clindamycin, levofloxacin, linezolid, penicillin, cefotaxime, ceftriaxone, tetracycline and vancomycin. 16S, 23S ribosomal RNA and 16S-23S intergenic spacer gene regions were amplified with specific primers and partial DNA sequence analysis of 16S rRNA polymerase chain reaction (PCR) products were performed by 3500xL Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA). According to the partial 16S rRNA gene sequencing results, bacterium was confirmed as S.uberis. This report makes a significant contribution to the number of case reports of human infections caused by S.uberis as the identification was performed by current microbiological methods in our case. In conclusion, S.uberis should be evaluated as an opportunistic pathogen among the immunosuppressed patients and in addition to phenotypic bacteriological methods, the other recent microbiological methods should also be utilized for the identification.

Özet

Streptococcus uberis, sığır mastitlerinin önemli bir kısmından sorumlu gram-pozitif bakteridir. Bakteri nadiren insan enfeksiyonları ile de ilişkili bulunmuştur. Konvansiyonel fenotipik yöntemler bakterinin tanımlamasında yetersiz olabilmekte ve mikrobiyoloji laboratuvarlarında bakteri diğer streptokoklar ve enterokoklar ile karıştırılabilmektedir. Günümüzde, S.uberis izolatlarının doğru bir şekilde isimlendirilmesinde moleküler yöntemler önerilmektedir. Bu raporda S.uberis'in neden olduğu alt solunum yolu enfeksiyonu olgusu ve etkenin tanımlanmasında kullanılan mikrobiyolojik yöntemlerin sunulması amaçlanmıştır. Altmış altı yaşında akciğer yassı epitel hücreli kanser tanısı olan ve radyoterapi alan erkek hasta kontrol amaçlı hastanemize başvurmuştur. Çekilen akciğer grafisi sonrası "kaviter tümör, akciğer apsesi" ön tanılarıyla hastanemize yatırılmıştır. Yatışın ertesi günü alınan kan kültüründe üreme olmazken, balgam kültüründe hastanın oral lezyonlarına bağlı olduğu düşünülen Candida albicans üremesi saptanmıştır. Hastanın yatışından 2 hafta sonra hastada öksürük şikayeti olması ve oskültasyonda "tuber sufl" duyulması üzerine hastadan kültür için balgam örneği alınmıştır. Balgamın Gram boyama ile yapılan yayma mikroskopisinde bol lökosit ve gram-pozitif koklar görülmüş ve %5 koyun kanlı agar ve çikolata agarda S.uberis üremesi saptanmıştır. Bakteri tanımlaması ve antibiyotik duyarlılık testleri VITEK 2 (Biomerieux, Fransa) cihazında yapılmış ve matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) temelli VITEK MS cihazı ile yine S.uberis olarak tanımlanmıştır. İzolat ampisilin, eritromisin, klindamisin, levofloksasin, linezolid, penisilin, sefotaksim, seftriakson, tetrasiklin ve vankomisine duyarlı olarak bulunmuştur. 16S, 23S ribozomal RNA ve 16S-23S intergenik spacer gen bölgeleri özgül primerler ile çoğaltılmış ve parsiyel 16S rRNA polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ürünlerinin DNA dizi analizi 3500xL (Applied Biosystems, ABD) cihazı ile yapılmıştır. Parsiyel 16S rRNA gen dizileme sonucuna göre bakteri S.uberis olarak doğrulanmıştır. Sunulan olgu, bakteri tanımlamasının güncel mikrobiyolojik yöntemlerle yapılmış olması nedeniyle sınırlı sayıdaki insan enfeksiyonu raporlarına önemli katkı sağlamaktadır. S.uberis'in bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda klinik uyum varlığında fırsatçı bir patojen olabileceği düşünülmeli ve tanımlama için fenotipik bakteriyolojik yöntemlere ek olarak güncel diğer mikrobiyolojik yöntemlerden de yararlanılmalıdır.