Journals / Mikrobiyoloji Bülteni / 2007 / Cilt: 41 - Sayı: 3
Genotyping of rifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates by mycobacterial interspersed repetitive ünit-variable number tandem repeat ( MIRU-VNTR) analysis
- Journal
- Mikrobiyoloji Bülteni
- Pages
- 385–393
- DOI
- —
Abstract
Molecular typing methods have greatly enhanced our understanding on epidemiology of tuberculosis and allowed us to identify outbreaks and intertransmission within populations. Recently, a set of 12 variable-number tandem repeat (VNTR), designated mycobacterial interspersed repetitive units (MIRU), has been described as being" useful for the typing of M.tuberculosis. In this study, 26 rifampin (RIF) resistant M.tuberculosis isolates with known IS6110-RFLP patterns obtained from 26 different patients in Aegean Region were typed by MIRU-VNTR and the data were compared with IS6110-RFLP results. The results showed that in most isolates the clustering on the basis of \S6110 RFLP typing and that on the basis of MIRU-VNTR typing were in agreement. It was also determined that the loci including MIRU 16, MIRU 40, MIRU 26, MIRU 10, MIRU 04 and MIRU 31, respectively, have the highestallelic diversities and discriminatory power. In conclusion, since the discrimination level of conventional MIRU-VNTR including 12 loci might be variable, by the use of additional loci which present high degree of allelic differentiation, this method would be reliable for the epidemiologic studies.
Özet
Moleküler tiplendirme yöntemlerindeki gelişmeler, tüberküloz epidemiyolojisinin anlaşılmasını kolaylaştırmış, salgınların tanımlanmasına ve hastalığın toplum içinde yayılımının anlaşılmasına yardımcı olmuştur. Son yıllarda, "Mycobacterial interspersed repetitive unit" (MIRU) olarak tanımlanan 12 VNTR (variable-number tandem repeat) lokusunun M.tuberculosis'm tiplendirmesinde yararlı olduğu gösterilmiştir. Bu çalışmada Ege Bölgesi'nde 26 farklı hastadan izole edilen ve IS6110-RFLP paternleri bilinen 26 rifampisine (RİF) dirençli M.tuberculosis izolatı MIRU-VNTR yöntemiyle tiplendirilmiş, elde edilen sonuçlar IS6110-RFLP sonuçları ile karşılaştırmıştır. Çalışmada, izolatların çoğunda MIRU-VNTR yöntemiyle oluşan kümelerin IS617 0-RFLP yöntemiyle oluşan kümelerle uyumlu olduğu saptanmış ve sırasıyla MIRU 16, MIRU 40, MIRU 26, MIRU 10, MIRU 04 ve MIRU 31'in atletik farklılığı ve ayrım gücü en yüksek lokuslar olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, klasik 12 MIRU-VNTR lokusunun allelik farklılıkları dolayısıyla ayrım güçleri arasında değişiklikler olduğu ve ayrım gücü yüksek olarak bulunan yukarıdaki lokuslara ek olarak allelik farklılığı yüksek diğer bazı lokusların da kullanılmasıyla, bu yöntemin epidemiyolojik çalışmalarda uygulanabilir bir yöntem olabileceği düşüncesine varılmıştır.