The first detected hıv-1 recombinant strain in Turkey: crf08_bc

Abstract

A major proportion of the HIV infections worldwide is caused by group M of HIV-1 genotype and to date approximately nine subtypes and 50 circulating recombinant forms (CRFs) in the group M have been recognized. Recombinants between different HIV-1 group M subtypes are designated as CRF. The objective of this study was to present, for the first time, a HIV-1 positive case infected with CRF08_BC subtype in Turkey. In beginning of 2011, a sailor, 48-year-old male was admitted to hospital with fever, loss of appetite, weight loss, 15 days lasting diarrhea and bilateral axillary lymphadenitis. The laboratory tests yielded anti-HIV positivity, HIV-RNA positivity (129.000 copies/ml) and CD4+ T-cell count of 11 cells/mm3 (1.3%). He had a history of multiple unprotected sexual contacts during his journey to various far-east countries. His clinical level was defined as C3 according to CDC classification. Since drug resistance analysis done before the initiation of antiretroviral therapy indicated no antiretroviral resistance, tenofovir/emtricitabin + efavirenz therapy was initiated. In the 16th months of the therapy, decreasing CD4+ T-cell count, HIV-RNA positivity and worsening of clinical condition (development of herpes lesions and pulmonary tuberculosis) suggested an unresponsiveness to therapy, efavirenz was replaced with tenofovir/emtricitabin + lopinavir/ritonavir. The patient was also treated with quadruple anti-tuberculous treatment based on the clinical and radiological findings of pulmonary tuberculosis. The protease domain (codon 1-99, 330 bp) of pol gene of HIV-1 strain obtained from pretreatment plasma sample, had been amplified by nested PCR and sequenced. This HIV-1 strain was then subtyped as CRF08_BC after phylogenetic analysis with neighbor-joining method (GenBank accession number: JX536763.1). In the world, HIV-1 CRF08_BC is substantially prevalent in southwestern China among injecting drug users. Our data suggested that the CRF08_BC subtype is also present in Turkey. Molecular epidemiologic studies are important tools for tracking transmission patterns, spread and for the control of the HIV infections in a given area. Therefore, HIV molecular research should be expanded in HIV-1 infected Turkish patients. The determination of subtype CRF08_BC of HIV-1 in Turkey may be contribute to global HIV surveillance systems.

Özet

Dünya çapındaki HIV enfeksiyonlarının önemli ölçüde nedeni HIV-1 genotipinin M grubudur. M grubunun dokuz alt tipi ve 50 kadar tanımlanmış dolaşan rekombinant formu (CRF) bulunmaktadır. HIV-1 CRF, bireyleri enfekte eden en az iki farklı alt tipin rekombinasyonuyla ortaya çıkmaktadır. Bu raporda, ülkemizde ilk kez saptanan CRF08_BC kökeni ile enfekte bir HIV-1 pozitif olgu sunulmuştur. Ateş, iştahsızlık, kilo kaybı, 15 gündür devam eden ishal ve bilateral aksiler lenfadenit şikayetleriyle 2011 yılının başında hastaneye başvuran 48 yaşında erkek hastanın tetkiklerinde, anti-HIV pozitif, CD4+ T lenfosit sayısı 11/mm3 (%1.3) ve HIV-RNA yükü 129.000 kopya/ml olarak saptanmıştır. Mesleği gemici olan olgunun, uzakdoğu seferleri sırasında birçok ülkede çok sayıda ve korunmasız cinsel temasta bulunduğu öğrenilmiştir. CDC sınıflamasına göre klinik evresi C3 olarak tanımlanan hastaya antiretroviral tedavi verilmeden önce HIV-1 ilaç direnç analizi uygulanmış ve ilaç direnci saptanmayan hasta tenofovir/emtrisitabin + efavirenz tedavisine alınmıştır. Tedavinin 16. ayında, CD4+ T hücre sayısında düşme, HIV-RNA pozitifliği ve klinik durumun kötüleşmesi (herpes lezyonları ve akciğer tüberkülozu gelişimi) nedeniyle tedaviye yanıtsızlık olduğu düşünülmüş efavirenz kesilerek tenofovir/emtrisitabin + lopinavir/ritonavir tedavisine geçilmiştir. Hastaya ayrıca klinik ve radyolojik bulgular ışığında dörtlü antitüberküloz tedavi başlanmıştır. Olgunun tedavi öncesi plazma örneğinden elde edilen HIV-1in pol geni proteaz kangalı (kodon 1-99, 330 bp) nested PCR ile çoğaltılmış ve dizilenmiştir. Elde edilen HIV-1 dizisi, neighbore-joining yöntemiyle filogenetik olarak analiz edilmiş ve köken CRF08_BC olarak tanımlanmıştır (GenBank erişim numarası: JX536763.1). Bu CRF tipi, dünyada büyük oranda güneybatı Çinde, damar içi ilaç bağımlılığı olanlarda yaygın olarak saptanmaktadır. Bulgularımız, HIV-1 CRF08_BC kökeninin ülkemizde de bulunduğunu göstermiştir. Virusun ülkemize hangi yollardan girdiğini ve nasıl yayıldığını anlamak ve enfeksiyonları kontrol edebilmek için HIV-1 ile enfekte bireylerde daha fazla moleküler epidemiyolojik temelli çalışmaya gereksinim bulunmaktadır. Ayrıca HIV-1 CRF08_BC kökeninin ülkemizden de bildirilmesi global çaptaki moleküler epidemiyolojik izlemde önemli olabilir.