Journals / Mikrobiyoloji Bülteni / 2007 / Cilt: 41 - Sayı: 2
Detection of Mycobacterium species distribution in the sputum samples of tuberculosis patients by PCR-RFLP method in Elazığ province
- Journal
- Mikrobiyoloji Bülteni
- Pages
- 203–209
- DOI
- —
Abstract
The aim of this study was to detect the Mycobacterium species in the sputum samples collected from tuberculosis patients in Elazig province (located in Eastern Anatolia, Turkey), by PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) method. A total of 60 samples from patients (32 male, 28 female) who were diagnosed as tuberculosis by culture positivity at Elazig Tuberculosis Control Dispensary, were included to the study. After DNA extraction and isolation from the samples, gene region encoding for 65 kDa protein of mycobacteria was amplified with specific primers (first step primers: TB1; 5'-GAG ATC GAC TGG AGG ATC C-3' and TB2; 5'-AGC TGC AGC CCA AAG GTG TT- 3', second step primers: TB1 and TB3; 5'-GTG TTG GAC TCC TCG ACG GT-3') by using seminested PCR method. According to hsp65 gene region amplification, 51 (85%) samples yielded positive results, while nine (15%) samples could not be identified. Of 51 samples, 44 (86.3%) were identified as M.tuberculosis complex, four (7.8%) were M.scrofulaceum, two (3.9%) were M.avium and one (1.9%) was M.intracellulare, in the restriction assay by Haelll of the PCR products. In order to identify the species of M.tuberculosis complex, gyrB gene region was amplified in those of 44 samples with specific primers (MTUB-f; 5'-TCG GAC GCG TAT GCG ATA TC-3' and MTUB-r; 5'-ACA TAC AGT TCG GAC TTG CG-3'), and the PCR products were restricted by Rsa\ and Taq\ enzymes. In this assay, 34 (77.3%), eight (18.2%), one (2.3%) and one (2.3%) of the 44 M.tuberculosis complex samples were detected as M.tuberculosis, M.bovis, M.microti and M.africanum, respectively. Our data indicated that at least seven different Mycobacterium species were the causative agents of tuberculosis in our region. As a result, researching for species distributions of mycobacteria in all of the parts of Turkey by molecular methods and clarifying their resistance patterns against antituberculous drugs are needed for the effective control of tuberculosis.
Özet
Bu çalışmada, Elazığ yöresindeki tüberküloz olgularından alınan balgam örneklerinde Mycobacterium türlerinin PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) yöntemi kullanılarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Elazığ Verem Savaş Dispanseri'nde kültür pozitifliği ile tüberküloz tanısı konulmuş toplam 60 (32 erkek, 28 kadın) hastanın balgam örneklerinden izole edilen DNA'lar, mikobakterilerin 65 kDa proteinini kodlayan gen bölgesine ait primerler (birinci aşamada: TB1; 5'-GAG ATC GAC TGG AGG ATC C-3' ve TB2; 5'-AGC TGC AGC CCA AAG GTG TT- 3', ikinci aşamada: TB1 ve TB3; 5'-GTG TTG GAC TCC TCG ACG GT-3') kullanılarak iki adımlı (seminested) PCR ile çoğaltılmıştır. Çalışmada, hsp65 gen bölgesine göre 51 (%85) balgam örneği pozitif olarak saptanırken dokuz (%15) örnek tanımlanamamıştır. Bu PCR ürünlerinin Hae\\\ enzimiyle kesim deneyi sonunda, 52 örneğin 44'ü (%86.3) M.tuberculosis kompleksi, dördü (%7.8) M.scmfulaceum, ikisi (%3.9) M.avium ve biri (%1.9) M.intracellulare olarak tanımlanmıştır. M.tuberculosis kompleks türlerinin ayırt edilebilmesi için ise, 44 DNA örneğinden gyrB gen bölgesi özgül primerler (MTUB-f; 5'-TCG GAC GCG TAT GCG ATA TC-3' ve MTUB-r; 5'-ACA TAC AGT TCG GAC TTG CG-3') ile çoğaltılmış ve ürünlerin Rsa\ ve Taq\ enzimleriyle kesimi sonunda, örneklerin 34'ünün (%77.3) M.tuberculosis, sekizinin (%18.2) M.bovis, birinin (%2.3) M.microti ve birinin (%2.3) de M.africanum olduğu belirlenmiştir. Çalışmamızın verileri, yöremizde tüberküloz etkeni olarak en az yedi farklı mikobakteri türünün varlığını ortaya koymuştur. Sonuç olarak, ülkemizin tüm bölgelerindeki tür dağılımının moleküler yöntemlerle belirlenmesinin ve bunların antitüberküloz ilaçlara direnç durumlarının bilinmesinin tüberküloz ile savaşta başarılı olabilmek için gerekli olduğu düşünülmüştür.