Journals / Mikrobiyoloji Bülteni / 2009 / Cilt: 43 - Sayı: 1
Analysis of the results of NEQAS international external quality assessment programme for hepatitis B and C virus nucleic acid tests
- Journal
- Mikrobiyoloji Bülteni
- Pages
- 103–114
- DOI
- —
Abstract
External quality assessment (EQA) has been playing an increasingly important role in the implementation of nucleic acid amplification techniques (PCR) for clinical diagnosis. In this study, the results of HBV-DNA quantification and HCV-RNA detection tests evaluated by United Kingdom National External Quality Assessment Scheme for Microbiology (NEQAS) were analysed and the performance of our laboratory was evaluated. Between April 2006-January 2008, in four different distribution panels including 16 freeze-dried serum and six plasma specimens for HBV-DNA and HCV-RNA testing, respectively, were received. Viral nucleic acids were extracted by magnetic particle technology (NucliSENS-easyMAG, bioMérieux, Boxtel, Holland). HBV-DNA and HCV-RNA tests were performed by Fluorion HBV quantitative v2.0 and Fluorion HCV quantitative v2.1 (lontek AS, Istanbul, Turkey) kits in real-time PCR (iCycler IQ v3.0a - BioRad Laboratories, Hercules, CA, USA) platform. The performance scores of all the quantification tests of HBV-DNA were 2 (completely correct result) and a strong correlation (r= 0.987) between the quantitative HBV data and the target values was found by linear regression analysis. The NEQAS scores of HCV-RNA testing, except for a false negative result (since the viral load in this specimen was very low--79 IU/ml--it was not scored by NEQAS), were 2 in all specimens. The evaluation of the data revealed 100% detection in HBV-DNA and 83.3% detection in HCV-RNA. In conclusion, the results of this study showed high accuracy of HBV quantification in the samples of HBV infected patients under antiviral therapy. However, the analytical sensitivity of HCV-RNA quantitative kit should be improved for the purpose of reliable HCV-RNA results. External quality control panels are important tools for monitoring the quality of diagnostic laboratory tests. Therefore, PCR laboratories should always have EQA in routine procedures.
Özet
Dış kalite kontrol uygulaması, rutin PCR tanı laboratuvarlarında uluslararası akreditasyon sağlamada kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada, NEQAS (United Kingdom National External Quality Assessment Scheme for Microbiology) dış kalite kontrol programı kapsamında rutin PCR laboratuvarımıza HBV-DNA kantitasyonu ve HCV-PCR saptanması amacıyla gönderilen örneklerden alınan sonuçların analizinin yapılması ve laboratuvarımızın performansının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Nisan 2006-0cak 2008 tarihleri arasında NEQAS tarafından laboratuvarımıza 4 ayrı dağıtımda, HBV-PCR için 16 serum, HCV-PCR için 6 plazma örneği gönderilmiştir. HBV-DNA ve HCV-RNA testleri, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) platformunda (iCycler IQ, v3.0a-BioRad Laboratories, ABD), Fluorion HBV QNP v2.0 ve Fluori- on HCV QNP v2.1 (lontek AŞ, Türkiye) kitleri kullanılarak çalışılmıştır. Viral nükleik asit ekstraksiyon metodu olarak manyetik partikül teknolojisi (NucliSENS-easyMAG, bioMerieux, Hollanda) kullanılmıştır. HBV-DNA kantitasyonunda elde edilen tüm sonuçlarda NEQAS skorları 2 (çok uygun sonucu ifade eden en yüksek skor) olarak elde edilmiş; lineer regresyon analizi yapıldığında HBV-DNA kantitasyonunda elde edilen değerlerin (log10) beklenen değerlerle güçlü korelasyon (r= 0.987) gösterdiği saptanmıştır. HCV- PCR testinde NEQAS skorları, yalancı negatif olarak saptanan bir örnek dışında (ki bu örnek viral yük değerinin çok düşük -yaklaşık 79 lU/ml-olması nedeniyle NEQAS tarafından skorlanmamıştır) 2 olarak elde edilmiştir. Yapılan değerlendirmede, HBV örneklerinde tanımlama oranı %100 (16/16), HCV örneklerinde ise %83.3 (5/6) olarak belirlenmiştir. Çalışma verilerinin analizi, HBV viral yük testlerinin yüksek doğrulukta sonuçlar verdiğini, ancak HCV-PCR testinde kullanılan kitin analitik duyarlılığın daha da artırılması gerektiğini göstermiştir. Sonuç olarak, rutin PCR laboratuvarların, kullandıkları kitleri ve laboratuvar koşullarını denetleyebilmek için, dış kalite kontrol değerlendirme programlarına katılmalarının önemli bir gereklilik olduğunun bir kez daha vurgulanmasının uygun olacağı düşünülmüştür.