Journals / Mikrobiyoloji Bülteni / 2009 / Cilt: 43 - Sayı: 4
Investigation of CTX-M type beta-lactamases in Klebsiella pneumoniae clinical isolates by phenotypic and molecular methods
- Journal
- Mikrobiyoloji Bülteni
- Pages
- 553–562
- DOI
- —
Abstract
Rapid spread of CTX-M type extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) between the members of Enterobacteriaceae receives attention increasingly all throughout the world. The aim of this study was to investigate the presence of CTX-M type ESBL in Klebsiella pneumoniae clinical strains by phenotypic and molecular methods. A total of 217 non-repetitive K.pneumoniae strains isolated from clinical specimens (152 urine, 20 sputum, 17 wound swabs, 13 blood, 9 tracheal aspirate, 3 CSF and 3 conjunctival swab samples) of inpatients (n= 128) and outpatients (n= 89) admitted to Pamukkale University Medical Faculty Hospital, between January 2006 - January 2007, were included to the study. In vitro antimicrobial susceptibilities were determined by disk diffusion technique in accordance with Clinical and Laboratory Standards Institute (CLS1) guidelines, and CT (cefotaxime)/CTL (cefotaxime-clavulanate) containing E-test strips (AB Biodisk, Sweden) were applied for phenotypic detection of cefotaximase production. PCR was performed for the detection of CTX-M genes and the subgroups, while the donal relatedness of the CTX-M positive isolates was investigated by random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. While imipenem resistance was not detected in any of the isolates, highest rates of resistance were detected for ampicillin (94%) and cephalothin (64.5%) in 217 K.pneumoniae strains. Using the E-test 39.6% (86/217) of the isolates were found positive, and CTX-M positivity was significantly higher in the strains isolated from inpatients (87.4%) than outpatients (12.6%) (p< 0.001). CTX-M gene was identified in 22.1% (19/86) of the E-test positive isolates. All of the CTX-M positive isolates were identified as CTX-M group-1. The highest resistance rates of CTX-M-1 strains were detected for amoxycillin-clavulanate (94.7%) and netilmicin (89.5%), while the lowest rates were detected for ciprofloxacin (26.3%), trimet-hoprim/sulphamethoxazole (26.3%) and amikacin (42.1%). RAPD identified 11 different banding patterns among the 19 CTX-M-1 positive isolates, the most frequent clusters being Kp3 (n= 3), Kp4 (n= 3) and Kp5 (n= 3). Five of the 8 isolates from pediatric intensive care unit and 4 of the 5 isolates from other pediatric wards exhibited the same band pattern indicating a possible donal dissemination. Continuous surveillance of beta-lactamases and the identification of their types in gram-negative enteric bacteria has important clinical impact, since it can often provide valuable information for effective infection control measures and for the choice of appropriate antimicrobial therapy.
Özet
Son zamanlarda CTX-M tipi genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL)'ların Enterobacteriaceae üyeleri arasında hızla yayıldığı dikkati çekmektedir. Bu çalışmada, Klebsiella pneumoniae klinik izolatlarında CTX-M varlığının fenotipik ve moleküler yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde Ocak 2006-Ocak 2007 tarihleri arasında hastanede yatan (n= 128) ve poliklinik hastalarının (n= 89) çeşitli klinik örneklerinden (152 idrar, 20 balgam, 17 yara yeri sürüntüsü, 13 kan, 9 tra-keal aspirat sıvısı, 3 beyin omurilik sıvısı, 3 göz sürüntüsü) izole edilen 217 K.pneumoniae susu alınmıştır. Suş-ların in vitro antimikrobiyal duyarlılıkları "Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)" önerileri doğrultusunda disk difüzyon metodu ile, sefotaksimaz üretimi ise CT (sefotaksim)/CTL (sefotaksim-klavulanik asit) şeritleri kullanılarak E-test (AB Biodisk, isveç) yöntemiyle belirlenmiştir. CTX-M gen varlığı ve alt gruplarının belirlenmesinde polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) kullanılmış, CTX-M gen pozitifliği saptanan suşlar arasındaki klonal ilişki RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)-PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışılan tüm suşlar arasında en yüksek direnç ampisilin (%94) ve sefalotine (%64.5) karşı belirlenmiş, imipeneme karşı direnç saptanmamıştır. E-test ile izolatların %39.6'sında (86/217) pozitiflik tespit edilmiş; yatan hastalara ait izolatların pozitiflik oranı (%87.4), poliklinik hastalarına ait izolatlardan (%12.6) anlamlı olarak yüksek bulunmuştur (p< 0.001). PCR yöntemiyle sefotaksimaz pozitif suşların %22.1'inde (19/86) CTX-M gen varlığı belirlenmiş, bunların tümünün CTX-M grup-1 olduğu görülmüştür. CTX-M-1 olarak belirlenen suşlarda en yüksek direnç amoksisilin-klavulanik asit (%94.7) ve netilmisine (%89.5), en düşük direnç ise siprofloksasin (%26.3), trimetoprim/sülfametoksazol (%26.3) ve amikasine (%42.1) karşı saptanmıştır. RAPD sonucuna göre 19 CTX-M-1 izolatında 11 farklı patern tespit edilmiş, en sık rastlanan kümelerin Kp 3 (n= 3), Kp 4 (n= 3) ve Kp 5 (n= 3) olduğu izlenmiştir. Çocuk yoğun bakım ünitesindeki hastalardan izole edilen sekiz sustan beşinin ve çocuk servisindeki beş sustan dördünün aynı bant paternlerini göstermesi, bu birimlerde klonal yaytlım olduğunu düşündürmüştür. Sonuç olarak; nozokomiyal K.pneumoniae suşlarında beta-laktamaz üretim oranlarının izlenmesi ve enzim tiplerinin belirlenmesinin, gerekli enfeksiyon kontrol önlemlerinin alınması ve uygun antibiyotik seçiminde klinisyenleri yönlendirmesi açısından önemli olacağı düşünülmüştür.