Detection of cagA prevalence in clinical isolates of helicobacter pylori

Zeynep SARIBAŞ,HÜLYA DEMİR,İNCİ NUR SALTIK TEMİZEL,HALİS ŞİMŞEK,HASAN ÖZEN,YAKUT AKYÖN YILMAZ

Abstract

Helicobacter pylori is a gram-negative, microaerophilic bacterium that colonizes human gastric mucosa and affects approximately 50% of the whole world population. It has put the blame on gastric ulcer, duodenal ulcer, chronic atrophic gastritis, mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma and stomach adenocarcinoma, as the etiological agent. The cagA (cytotoxin-associated gene A) gene which is one of the most important virulence factors of H.pylori, encodes a 120-145 kDa protein called CagA antigen that may cause cell transformation. The prevalence of cagA positive H.pylori infections varies according to geographical area and age of the patients. Recent studies have suggested that cagA positive H.pylori strains play a role in the development of gastric carcinoma. The aim of this study was to evaluate the prevalence of cagA positive H.pylori isolates in adult and pediatric patient groups in Hacettepe University, Faculty of Medicine. The study was performed on 198 H.pylori stocked strains which have been isolated between 1997-2003 period from biopsy specimens of 107 adult and 91 pediatric patients with gastrointestinal pathology. Chromosomal DNA was extracted by the cetyltrimethyl-ammonium bromide (CTAB) method, and a 348 bp region of the cagA gene was amplified by an “in-house” polymerase chain reaction (PCR) using F1 and B1 primers (Gene Bank number: L11714 position 1231 and 1578R). The evaluation of PCR products revealed that 58.6% (116/198) of the isolates were cagA positive. The rates of cagA positive H.pylori among the adult and pediatric isolates were 62% and 55%, res- pectively. The present study demonstrates the prevalence of cagA in clinical isolates of H.pylori in our university hospital, and our data was found concordant with the results of studies reported from developed countries.

Özet

Helicobacter pylori, gram-negatif, mikroaerofilik, insan gastrik mukozasında kolonize olan ve dünya nüfusunun ortalama %50’sini etkileyen bir bakteridir. Gastrik ülser, duodenal ülser, kronik atrofik gastrit, mukoza ile ilişkili lenfoid doku lenfoması ve mide adenokarsinomunda etyolojik ajan olarak sorumlu tutulmaktadır. Bakterinin önemli bir virülans faktörü olan cagA (cytotoxin-associated gene A) geni, 120-145 kDa ağırlığında bir protein olan ve hücre transformasyonuna yol açabilen CagA (sitotoksin ilişkili gen A) antijenini kodlamaktadır. cagA pozitif H.pylori suşlarının prevalansı coğrafi bölgelere ve hastaların yaş grubuna göre değişiklik gösterebilmektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar, cagA pozitif H.pylori suşlarının gastrik karsinom gelişiminde rol oynadığını düşündürmektedir. Bu çalışmada, erişkin ve çocuk hastalardan izole edilen klinik H.pylori izolatlarında cagA prevalansının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 1997-2003 yılları arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalında biyopsi örneklerinden izole edilen ve gastrointestinal patoloji saptanmış 107’si erişkin, 91’i çocuk hastaya ait toplam 198 stok H.pylori suşu dahil edilmiştir. İzolatlardan DNA ekstraksiyonu, setil trimetil amonyum bromür (CTAB) yöntemi ile yapılmış ve H.pylori cagA geninin 348 baz çiftlik bölgesi, F1 ve B1 (Gen Bankası no: L11714 pozisyon 1231 ve 1578R) primerleri kullanılarak “in house” polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmıştır. Çalışmamızda, klinik H.pylori izolatlarında cagA geni pozitifliği toplam olarak %58.6 (116/198) oranında tespit edilmiş; erişkin hasta izolatları için H.pylori cagA pozitiflik oranı %62 (66/107), çocuk hasta izolatları için ise %55 (50/91) olarak belirlenmiştir. Üniversite hastanemizde H.pylori klinik izolatlarında cagA prevalansını belirleyen bu çalışmanın verileri, gelişmiş ülkelerden bildirilen sonuçlarla uyumlu bulunmuştur.