Early detection of methicillin resistance by real-time PCR in Staphylococci isolated from blood cultures

Kan kültürlerinde üreyen stafilokoklarda metisilin direncinin gerçek zamanlı PCR ile erken tanısı

Abstract

Bacteremia caused by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has a significant morbidity and mortality. The aim of this study was to evaluate the efficiency of real-time polymerase chain reacti-on (Rt-PCR) targeting nuc and mec genes in the culture extracts of blood culture systems for the early diagnosis of MRSA. A total of 48 samples that gave positive growth signal in BACTEC 9000 MB (BD, USA) and stained as gram-positive cocci, were included in the study. The samples were collected between 2009 and 2010. VITEC 2 (bioMerieux, France) system was used for the identification and antibiotic sus- ceptibility testing of the isolates. According to the culture results, 15 of the isolates were methicillin-re-sistant coagulase-negative staphylococci (MRCNS), four were MRSA, 14 were methicillin-susceptible co-agulase-negative staphylococci (MSCNS) and 15 were methicillin-susceptible S.aureus (MSSA). However, Rt-PCR yielded 17 MRCNS, eight MRSA, 10 MSCNS and 13 MSSA results. Our findings indicated lack of concordance between blood culture and PCR technique. When the blood culture results were accepted as the gold standard for the determination of methicillin resistance, sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of Rt-PCR were found as 73%, 62%, 56% and 78%, respectively. In conclusi-on, in contrast to the expectations, Rt-PCR was not considered as an appropriate method for the detection of MRSA in routine diagnosis.

Özet

Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA)a bağlı sepsisler günümüzde önemli bir morbidite ve mortaliteye sahiptir. Bu çalışmada, MRSAnın kan kültürü sonucuna göre daha erken tanımlanması amacıyla, kültür vasatından elde edilen ekstraktlarda mec ve nuc genleri gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışmaya, 2009-2010 yıllarında BACTEC 9000 MB (BD, ABD) sisteminde üreme sinyali saptanan kan kültürlerinden Gram boyama yapılan ve stafilokok bakterisi görülen 48 örnek alınmıştır. İzolatların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıkları VITEC 2 (bioMerieux, Fransa) sisteminde yapılmıştır. Kültür sonuçlarına göre 48 stafilokok suşundan 15i metisiline dirençli ko-agülaz-negatif stafilokok (MRKNS), dördü MRSA, 14ü metisiline duyarlı koagülaz-negatif stafilokok (MSKNS) ve 15i metisiline duyarlı S.aureus (MSSA) olarak tanımlanmıştır. PCR sonuçlarına göre ise suşların 17si MRKNS, sekizi MRSA, 10u MSKNS ve 13ü MSSA olarak belirlenmiştir. Kültür ve PCR sonuçları arasında uyumluluk saptanmamıştır. Kültür sonuçları referans olarak alındığında, metisilin direncini belirlemede PCR yönteminin duyarlılığı %73, özgüllüğü %62, pozitif prediktif değeri %56 ve negatif prediktif değeri %78 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, Rt-PCR yöntemi kültürle karşılaştırıldığında, PCR lehine beklenen olumlu sonuç alınamamış ve rutin açıdan PCR, uygun bir yöntem olarak değerlendirilmemiştir.