Journals / Mikrobiyoloji Bülteni / 2012 / Cilt: 46 - Sayı: 2
Genotyping of Mycobacterium tuberculosis strains isolated from pulmonary tuberculosis patients in Cukurova region, Turkey by spoligotyping and MIRU-VNTR methods
- Journal
- Mikrobiyoloji Bülteni
- Pages
- 202–210
- DOI
- —
Abstract
More rapid, and specific molecular diagnostic methods are required to understand the epidemiology of tuberculosis in the population and to establish effective control measures. Molecular epidemiologic studies about Mycobacterium tuberculosis are yet limited in Turkey. Cukurova (Eastern Mediterranean part of Turkey) region is of special importance in terms of tuberculosis epidemiology due to its neighbourho-od countries and relatively high number of immigrants to that area. This study was aimed to determine the genotypic characteristics of M.tuberculosis strains isolated from pulmonary tuberculosis patients in Cukurova region, by spoligotyping and 12 loci MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit- Variable Number Tandem Repeats) methods. A total of 467 M.tuberculosis strains isolated from patients with pulmonary tuberculosis admitted to 20 hospital/dispansery in seven different provinces (Adana, Mersin, Osmaniye, Antakya, Gaziantep, Sanliurfa, Kahramanmaras) at Cukurova region between January 2007-June 2010, were included to the study. Genotypic identification was done by spoligotyping and 12 loci MIRU-VNTR methods. M.tuberculosis complex strains were isolated from different samples (spu-tum, bronchoalveolar lavage and biopsy material) by MGIT 960-TB (BD Diagnostics, USA) liquid culture method in Regional Tuberculosis Laboratory. Spoligotyping analysis revealed that 443 (94.9%) of the strains were clustered in 21 groups while 24 (5.1%) of the isolates were described as orphan strains ac- cording to SpolDB4 database. The most common families were T1 genotype seen in 239 (51.9%) stra- ins and LAM7 TUR genotype seen in 54 (11.5%) strains. Six (1.3%) strains isolated from one province were multidrug resistant strains and belonged to Beijing family. Combination of spoligotyping with 12- locus MIRU-VNTR divided the T1 family into 7 clusters of which members ranged from 2-158. Twenty one isolates showed unique pattern. According to this study, T1 family is the most common genotype among M.tuberculosis strains in Cukurova, Turkey and the prevalence of M.tuberculosis Beijing strains was 1.3%, detected only in one province (Sanliurfa). Active surveillance studies are necessary to follow the regional dissemination of M.tuberculosis genotypes and establish effective precautions to prevent the spread of especially drug resistant strains.
Özet
Halk sağlığı açısından büyük önem taşıyan tüberkülozun toplum içerisindeki hızlı yayılımının nedenlerinin anlaşılması ve daha etkili kontrol önlemlerinin geliştirilebilmesi için moleküler bazlı epidemiyolojik yöntemlerin yaygınlaşması gerekmektedir. Dünyada son yıllarda tüberkülozun moleküler epidemiyolojisiyle ilgili çalışmalardaki hızlı artışa karşın, ülkemizde Mycobacterium tuberculosisin epidemiyolojik özelliklerini tespite yönelik yapılan araştırmalar sınırlıdır. Çukurova bölgesi, güneydoğu komşuluğu ve bu komşuluğuna bağlı olarak aldığı göçlerden dolayı oldukça kritik öneme sahip bir bölgedir. Bu çalışmada, bölgemizdeki M.tuberculosis klinik izolatlarının genotip düzeyinde tanımlanması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ocak 2007-Haziran 2010 tarihleri arasında Çukurova bölgesinde bulunan yedi ildeki (Adana, Mersin, Os- maniye, Antakya, Gaziantep, Şanlıurfa, Kahramanmaraş) 17 Verem Savaş Dispanseri, bir göğüs hastalık- ları hastanesi ve iki devlet hastanesinden, Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarına gönderilen, akciğer tü- berkülozlu hastalara ait örneklerden (balgam, bronkoalveoler lavaj ve biyopsi materyali) MGIT 960TB (BD Diagnostics, ABD) sistemiyle izole edilen ve M.tuberculosis kompleks olarak tanımlanan 467 suş dahil edilmiştir. İzolatların her birine spoligotiplendirme ve 12 lokus MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number Tandem Repeats) yöntemi uygulanmıştır. Spoligotiplendirme yöntemiyle 467 izolatın 443 (%94.9)ünün 21 küme içerisinde yoğunlaştığı, 24 (%5.1)ünün ise SpolDB4 veri bankasındaki bilinen hiçbir kümeye uymayan (orphan) suşlar olduğu belirlenmiştir. Bölgemizde en yaygın görülen ailenin 239 (%51.9) izolat ile T1 ailesi olduğu, bunu 54 (%11.5) izolat ile LAM7 TUR ailesinin izlediği, sadece Şanlıurfa ilinden izole edilen suşlardan 6 (%1.3)sının Beijing ailesine ait çok ilaca dirençli izolatlar olduğu tespit edilmiştir. Spoligotiplendirme yöntemi sonucunda en fazla üyeye sahip olan T1 ai- lesine ait 239 suş, 12 lokus MIRU-VNTR yöntemi kombinasyonu sonucunda, üye sayıları 2-158 arasında değişen yedi alt kümeye ayrılmış, 21 izolat ise özgün (unique) karakter göstermiştir. Spoligotiplendirme yöntemiyle değerlendirilen suşlar arasında, bölgemizde T1 ailesinin daha yaygın olduğu görülmüştür. M.tuberculosis Beijing suşu prevalansı %1.3 olarak tespit edilmiş, bu suşların tamamı Şanlıurfa bölgesin- deki hastalara ait örneklerden izole edilmiştir. Sonuç olarak, aktif sürveyans çalışmalarıyla bu suşların böl- ge hareketlerinin izlenmesi ve yayılımlarının engellenmesi gerektiği kanısına varılmıştır.