Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı

Özet

Rotavirus, tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de küçük çocuklardaki akut gastroenteritin en önemli etkenidir. Bu çalışmanın amacı, üçüncü basamak sağlık hizmeti veren bir hastaneye akut gastroenterit şikayeti ile başvuran beş yaş altındaki çocuklarda rotavirus enfeksiyon prevalansının belirlenmesi ve yaygın olan rotavirus serotip ve elektroferotiplerinin saptanmasıdır. Çalışmaya, Nisan 2009 ile Şubat 2010 tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Hastanesine başvuran 0-5 yaş arasındaki 251 (108 kız, 143 erkek) olgu dahil edilmiştir. Olgulardan toplanan dışkı örneklerinde rotavirus antijeni, ELISA (Rotaclone, Meridian Diagnostics, ABD) yöntemi ile saptanmış ve pozitif örneklerden fenol-kloroform-izoamil- alkol metodu ile çift zincirli RNA izole edilmiştir. Çift zincirli RNA elektroferotiplendirme için poliakrilamid jel elektroforezine tabi tutulmuştur. G ve P genotipleri, AccessQuick RT-PCR ve PCR Mastermix kullanılarak (Promega Corporation, Madison, WI) RT-PCR ve daha sonra “nested” PCR ile belirlenmiştir. Örneklerin 53 (%21.1)’ünde ELISA ile rotavirus antijeni pozitif bulunmuş; G ve P tipleri sırasıyla 31 (%58.5) ve 24 (%45.3) örnekte saptanmıştır. G tiplerinin %16.1’i G1, %12.9’u G2, %38.7’si G3, %25.8’i G4 ve %6.5’i G9 olarak tanımlanmıştır. P tiplerini ise P[8] (%87.5), P[6] (%8.3) ve P[9] (%4.2) genotipleri oluşturmuştur. Çalışmamızda örneklerin 18 (%34)’inde hem G hem de P tipleri birlikte tes- pit edilmiş ve bunların da 7 (%38.9)’sinin G3P[8], 3 (%16.6)’ünün G2P[8], 3 (%16.6)’ünün G4P[8], 2 (%11.1)’sinin G1P[8] ve 1 (%5.6)’er adedinin ise G9P[8], G4P[6] ve G1P[6] olduğu saptanmıştır. Örneklerin 23 (%43.4)’ünde dört farklı elektroferotip belirlenmiş ve bunların E1 (n= 10), E2 (n= 10), E3 (n= 1) ve E5 (n= 2) olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak bölgemizde, G1-4 ve G9 tiplerinin yaygınlığını koruduğu, ancak G1 baskınlığından G3 ve G4’e geçiş olduğu ve G9 genotipinin yayılımının azaldığı gözlenmiştir. Çalışmamız ile ülkemizde ilk kez P[9] tipinin varlığı saptanmıştır. Daha önce yaygın olarak görülen G1P[8]‘in yerini G3P[8]’in aldığı belirlenmiştir. Önceki çalışmalarda tüm E tipleri görülebilmesine rağmen bu çalışmada sadece dört E tipi tespit edilmiştir. Globalleşmenin bir sonucu olarak, önceki dönemlerde rastlanan rotavirus genotip ve elektroferotip oranlarında sapmalar olduğu gösterilmiştir.