Comparison of Phoenix automated system, API ID 32 strep system and LightCycler Enterococcus MGRADE system in the identification of clinical Enterococcus isolates

Klinik Enterokok izolatlarının tanımlanmasında phoenix otomatize sistemi, API ID 32 strep sistemi ve LightCycler Enterococcus MGRADE sisteminin karşılaştırılması

Yeşim ÇEKİN,Betil BAYSAN ÖZHAK,Derya MUTLU,Nevgün ÖZEN SEPİN,GÖZDE ÖNGÜT,LEVENT DÖNMEZ,MERAL DİLARA ÖĞÜNÇ,Dilek ÇOLAK

Abstract

Enterococci which are part of the commensal flora of the human gastrointestinal and genitourinary tracts, are increasing in importance as the cause of hospital-acquired infections. Identification of Enterococcus spp. at the species level is of great importance, for appropriate treatment of patients, infection control and to supply epidemiological data. Conventional methods for the identification of enterococcus isolates at species level is difficult and time consuming. Correct identification of enterococcus isolates in clinical microbiology laboratory by conventional methods is replaced by semi-automated or automated identification and molecular methods. The aim of this study was to evaluate the performance of Phoenix automated system (BD Diagnostic Systems, USA), API Rapid ID 32 Strep System (bioMerieux, France) and Enterococcus MGRADE LightCycler kit (Roche Molecular Biochemicals, Germany) used in real- time polymerase chain reaction (Rt-PCR), for the species level identification of enterococcus strains isolated from clinical specimens. A total of 90 vancomycin susceptible enterococci isolated from different patients were identified by all of the three commercial systems, together with conventional methods. Of the strains, 59 were identified as E.faecalis, 28 were E.faecium, and one of each as E.raffinosus, E.hirae and E.casseliflavus with conventional methods. One E.faecalis strain identified by the conventional system was identified as E.faecium by Phoenix system and one E.faecium strain as E.durans. One E.raffinosus strain identifed by the conventional method was identified as E.avium by API. Conventionally identified four E.faecalis strains were determined to be E.faecium by Rt-PCR and one E.faecium, one E.raffinosus and one E.casseliflavus as E.faecalis. Accordingly, the consistency of Phoenix, API Rapid ID 32 Strep and LightCycler Enterococcus MGRADE systems with the conventional methods were detected as 97.8% (88/90), 98.9% (89/90), and 92.2% (83/90), respectively. In conclusion, all of those three commercial assays are appropriate methods to be used for the identification of enterococci at the species level in the routine clinical microbiology laboratories, due to their high compliance with the conventional method, and their ability to yield the results at the same day.

Özet

İnsan gastrointestinal ve genitoüriner sistem florasında yer alan mikroorganizmalardan biri olan enterokoklar, hastane kaynaklı enfeksiyonların önemli sebeplerinden biridir. Enterokokların tür düzeyinde tanımlanması, hastaların uygun tedavisi, enfeksiyon kontrolü ve epidemiyolojik açıdan kritik öneme sahiptir. Ancak konvansiyonel yöntemlerle tür düzeyinde tanımlama zor ve zaman alan bir süreçtir. Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında saptanan enterokok izolatlarının tanısında konvansiyonel yöntemlerin yerini yarı otomatik veya otomatik tanımlama yöntemleri ve moleküler yöntemler almaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen enterokok suşlarının tür düzeyinde tanımlanmasında, Phoenix otomatize sistemi (BD Diagnostic Systems, ABD), API Rapid ID 32 Strep sistemi (bioMerieux, Fransa) ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) kiti olan LightCycler Enterococcus MGRADE (Roche Molecular Biochemicals, Almanya) sisteminin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Her biri farklı hastaya ait klinik örnekten izole edilmiş 90 vankomisine duyarlı enterokok suşu, konvansiyonel yöntemlerin yanı sıra her üç ticari yöntemle de tanımlanmıştır. Konvansiyonel yöntemle 90 izolatın 59u E.faecalis, 28i E.faecium, biri E.raffinosus, biri E.hirae, biri E.casseliflavus olarak tanımlanmıştır. Konvansiyonel yöntemle E.faecalis olarak saptanan bir suş Phoenix sistemiyle E.faecium olarak, bir E.faecium suşu ise E.durans olarak tanımlanmıştır. Konvansiyonel yöntemle E.raffinosus olarak tanımlanan bir suş, API yöntemiyle E.avium olarak saptanmıştır. Konvansiyonel yöntemle E.faecalis olarak saptanan dört suş, Rt-PCR yöntemiyle E.faecium olarak; bir E.faecium, bir E.raffinosus ve bir E.casseliflavus suşu ise E.faecalis olarak tanımlanmıştır. Buna göre; Phoenix, API Rapid ID 32 Strep ve LightCycler Enterococcus MGRADE sistemlerinin konvansiyonel tanımlama yöntemiyle uyumları sırasıyla; %97.8 (88/90), %98.9 (89/90) ve %92.2 (83/90) olarak saptanmıştır. Sonuç olarak, çalışılan ticari yöntemlerden her üçünün de, klinik örneklerden izole edilen enterokokların tür düzeyinde tanımlanmasında konvansiyonel yöntemle yüksek düzeyde uyum göstermeleri ve aynı gün içinde sonuç verilebilme özelliklerinden dolayı, rutin klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında kullanılabilecekleri sonucuna varılmıştır.