Journals / Mikrobiyoloji Bülteni / 2017 / Cilt: 51 - Sayı: 2
Evaluation of Viral Etiology in Central Nervous System Infections from A University Hospital Point of View in Izmir Based on Seven Years Data
- Journal
- Mikrobiyoloji Bülteni
- Pages
- 127–135
- DOI
- —
Abstract
The serious diseases of the central nervous system (CNS); encephalitis and meningitis, have high mortality and morbidity rate especially not diagnosed and treated in time. Nucleic acid testing (NAT) is the tool of choice for viral diagnosis in CNS infections. In this study, viral etiological agents found in cerebrospinal fluid (CSF) samples sent to our university hospital virology laboratory for laboratory diagnosis of CNS infections were retrospectively evaluated and results were compared with other reports from our country. Viral etiological agents found in cerebrospinal fluid (CSF) samples sent to Ege University Faculty of Medicine Department of Medical Microbiology Virology Laboratories for laboratory diagnosis of CNS infection between 01.01.2009-31.12.2015 were evaluated retrospectively. A total of 3778 CSF tests were performed for cell culture of enterovirus (EV) in 487 samples and 3291 tests for nucleic acid testing (NAT) by real time polymerase chain reaction (PCR) in herpes simplex virus 1 (HSV1), herpes simplex virus 2 (HSV2), varicella zoster virus (VZV), Epstein-Barr virus (EBV), cytomegalovirus (CMV), human herpes virus 6 (HHV6) and EV. VZV and EV NAT's were performed during the last one and five years period, respectively. NAT positive results for HSV1, HSV2, CMV, EBV, VZV, HHV6 and EV were 1.80% (24/1333), 0.08% (1/1333), 3.28% (19/580), 4.35% (22/506), 0.46% (1/216), 1.05% (5/478) and 3.37% (6/178), respectively. EV was isolated in 30 (6.20%) of 487 CSF samples by viral culture. Positive samples were mainly from pediatric, neurology and infectious diseases clinics as expected. The number of higher positive results were found in samples sentin december (35.3%), july (12.9%) and november (10.6%). Overall 80% of positive samples belonged to patients over 18 years old. When the results of other studies reported from Turkey are examined, although the positivity rates are generally similar, it is seen that the rates specific to certain factors are higher in selected smaller patient groups like HSV1 and EV. Rapid nucleic acid tests like multiplex PCR and microarray will provide more practical and effective laboratory diagnosis approach in CNS infections, since many more microorganisms may be causative agents.
Özet
Santral sinir sistemi (SSS)'nin ciddi seyreden tabloları ensefalit ve menenjit, tanı konmadığında ve tedavi edilemediğinde yüksek mortalite ve morbidite ile seyreder. SSS enfeksiyonlarında nükleik asitlerin saptanması, viral tanıda tercih edilen tanı yöntemidir. Bu çalışmanın amacı, SSS enfeksiyonlarında viral etiyolojinin üniversite hastanemizde yedi yıllık verileri üzerinden değerlendirilmesi için viroloji laboratuvarlarına gönderilen beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde çalışılmış test sonuçlarını geriye dönük olarak değerlendirmek ve sonuçları ülkemizdeki diğer çalışmalarla karşılaştırmaktır. Çalışmada 01.01.200931.12.2015 tarihleri arasında SSS enfeksiyonu ön tanısı olan hastalardan Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'na gönderilen BOS örneklerinde çalışılmış test sonuçları geriye dönük olarak değerlendirilmiştir. Klinikten yapılan isteklere göre 487 örnekte hücre kültürü ile enterovirus (EV), gelen diğer BOS örneklerinde de gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile herpes simpleks virus 1 (HSV1), herpes simpleks virus 2 (HSV2), varisella zoster virus (VZV), Epstein-Barr virus (EBV), sitomegalovirus (CMV), insan herpes virus 6 (HHV6) ve EV için 3291 nükleik asit testi olmak üzere toplam 3778 test çalışılmıştır. VZV ve EV testleri sırasıyla son bir ve beş yılda araştırılmıştır. Nükleik asit testi ile çalışılan etkenlere göre HSV1, HSV2, CMV, EBV, VZV, HHV6 ve EV sırasıyla %1.80 (24/1333), %0.08 (1/1333), %3.28 (19/580), %4.35 (22/506), %0.46 (1/216), %1.05 (5/478) ve %3.37 (6/178) pozitif saptanmıştır. EV hücre kültüründe 487 BOS örneğinin 30 (%6.20)'unda saptanmıştır. Pozitif örnekler, başlıca Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Nöroloji ve Enfeksiyon Hastalıkları kliniğinden gelen örneklerde saptanmıştır. Aylara göre bakıldığında; pozitif örneklerin çoğunluğu hastaneye aralık (%35.3), temmuz (%12.9) ve kasım (%10.6) aylarında başvuran hastalara ait örneklerdi. Pozitif örneklerin %80'i 18 yaş üzerine aitti. Türkiye'den bildirilen diğer çalışmaların sonuçları incelendiğinde; pozitiflik oranlarının genel olarak benzer olmakla birlikte, seçilmiş daha küçük hasta gruplarında belirli etkenlere özgü oranların yüksek olduğu görülmektedir (HSV1, EV gibi). SSS enfeksiyonlarında daha birçok mikroorganizmanın da etken olabileceği düşünüldüğünde, rutin laboratuvar tanıda multipleks PCR, "microarray" gibi çoklu ve hızlı güvenilir nükleik asit testleriyle inceleme yapılması daha pratik ve etkin bir yaklaşım sağlayacaktır.