Peroxidase Gene Based Genetic Relationships Among Safflower Genotypes

Abstract

Safflower (Carthamus tinctorius L.) is an oil crop species and is widely cultivated since ancient times in Near East. Fifteen peroxidase gene based markers (POGP) were used to fingerprint 39 genotypes (33 cultivars, 6 breeding lines) from 6 countries to asses genetic diversity within elite safflower germplasm. Fourteen POGP markers produced polymorphisms and one marker was monomorphic. POGP markers produced total of 71 bands of which 50 were polymorphic. Average number of bands produced by POGP markers were 4.7, 3.3 of which were polymorphic among the safflower genotypes. To reveal genetic relationships among the safflower genotypes, similarity matrix was calculated and UPGMA method was used to construct a dendrogram. Mean similarity was 0.80 among the genotypes with a range of 0.56-0.91. Genotypes clustered within 2 groups. Gene diversity of the markers ranged between 0.17-0.48. These results show POGP markers could be used to fingerprint to study genetic diversity of safflower genotypes.

Özet

Aspir (Carthamus tinctorius L.) önemli bir yağ bitkisidir ve eski çağlardan beri Yakın Doğu’da kütürü yapılmaktadır. On beş peroksidaz gen markörü (POGP) 6 farklı ülkeye ait 39 aspir genotipinde (33 çeşit ve 6 ıslah hattı) genetik çeşitliliği araştırmak için kullanılmıştır. On dört POGP markörü aspirde polimorfizimler üretirken bir markör monomorfik olarak bulunmuştur. POGP markörleri aspirde toplam 71 band üretmiş ve üretilen bantlardan 50 tanesi polimorfik olarak bulunmuştur. Aspirde POGP markörü başına üretilen ortalama band sayısı 4.7 iken, ortalama polimorfik band sayısı 3.3 olmuştur. Aspirde genetik akrabalık ilişkilerini ortaya çıkarmak için benzerlik matrisi hesaplanmış ve UPGMA metodu ile dendrogram yapılmıştır. Aspir genotiplerinin benzerlik oranları 0.59-0.91 arasında değişim göstermiş ve ortalama benzerlik 0.80 olarak bulunmuştur ve genotipler 2 grup altında toplanmıştır. Markörlerin tespit ettiği gen çeşitliliği 0.17-0.48 arasında olmuştur. Mevcut sonuçlar, aspirde genetik çeşitliliği çalışmak için parmak izi yönteminde POGP markörlerinin kullanılabileceğini göstermektedir.Özet: Aspir (Carthamus tinctorius L.) önemli bir yağ bitkisidir ve eski çağlardan beri Yakın Doğu’da kütürü yapılmaktadır. On beş peroksidaz gen markörü (POGP) 6 farklı ülkeye ait 39 aspir genotipinde (33 çeşit ve 6 ıslah hattı) genetic çeşitliliği araştırmak için kullanılmıştır. On dört POGP markörü aspirde polimorfizimler üretirken bir markör monomorfik olarak bulunmuştur. POGP marörleri aspirde toplam 71 band üretmiş ve üretilen bantlardan 50 tanesi polimorfik olarak bulunmuştur. Aspirde POGP markörü başına üretilen ortalama band sayısı 4.7 iken, ortalama polimorfik band sayısı 3.3 olmuştur. Aspirde genetik akrabalık ilişkilerini ortaya çıkarmak için benzerlik matrisi hesaplanmış ve UPGMA metodu ile dendrogram yapılmıştır. Aspir genotiplerinin benzerlik oranları 0.59-0.91 arasında değişim göstermiş ve ortalama benzerlik 0.80 olarak bulunmuştur ve genotipler 2 grup altında toplanmıştır. Markörlerin tespit ettiği gen çeşitliliği 0.17-0.48 arasında olmuştur. Mevcut sonuçlar, aspirde genetik çeşitliliği çalışmak için parmak izi yönteminde POGP markörlerinin kullanılabileceğini göstermektedir.