Journals / Gülhane Tıp Dergisi / 2006 / Cilt: 48 - Sayı: 2
Direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex strains from sputum samples by nested PCR method
- Journal
- Gülhane Tıp Dergisi
- Pages
- 75–78
- DOI
- —
Abstract
The purpose of this study was to detect the presence of Mycobacterium tuberculosis complex strains in sputum samples by IS6110-based nested polymerase chain reaction (PCR). The sputum samples of 120 patients with pulmonary tuberculosis were collected. After decontamination procedure, a portion of the sputum samples was inoculated on Löwenstein-Jensen medium and then the samples were incubated at 35-37 ºC, for 4-8 weeks. Tuberculosis bacilles were identified in 105 out of 120 sputum cultures collected from the patients with tuberculosis. Therefore, the direct sputum samples and the DNAs extracted from the culture of those 105 patients were used for amplification of IS6110 gene region by nested PCR. In the result of the nested PCR method, 78 (74.29%) of the direct sputum samples were found to be positive for M. tuberculosis complex, while 84 (80%) of the culture samples were positive. When the results of the direct sputum samples were compared to the culture samples, the sensitivity and specificity of nested PCR from direct sputum samples were 92.8% (78/84), and 100% (21/21), respectively. This study has shown that nested PCR method is a practical, sensitive and specific method for the detection of M. tuberculosis complex strains from sputum samples.
Özet
Bu çalışmanın amacı, balgam örneklerinde Mycobacterium tuberculosis komplex türlerinin IS6110 kökenli "nested polymerase chain reaction" (PCR) ile direkt olarak belirlenmesidir. Bu amaçla, çalışmada, akciğer tüberkülozu tanısı konmuş 120 hastadan alınan balgam örnekleri kullanıldı. Dekontaminasyon işlemini takiben, balgam örneklerinin bir kısmı Löwenstein-Jensen besiyerine ekildi ve örnekler 35-37 º C'de 4-8 hafta inkübe edildi. Kültür sonucunda, 105 örnekte tüberküloz basillerinin ürediği belirlendi. Bu nedenle, nested PCR metodunda 105 hastaya ait kültür ve direkt balgam örneklerinden elde edilen DNA'lar kullanıldı. Nested PCR sonucunda, toplam 105 direkt balgam örneğinin 78'inde (%74.29), kültür örneklerinin ise 84'ünde (%80) M. tuberculosis komplex türleri belirlendi. Kültürde gerçekleştirilen nested PCR ile kıyaslandığında direkt balgamda gerçekleştirilen nested PCR'ın duyarlılığı %92.8 (78/84), özgüllüğü ise %100 (21/21) olarak tespit edildi. Çalışmanın sonuçlarına göre, nested PCR metodunun direkt balgam örneklerinden M. tuberculosis komplex türlerinin belirlenmesinde pratik, özgül ve duyarlı bir metod olduğu kaydedilmiştir.