Journals / Gülhane Tıp Dergisi / 2001 / Cilt: 43 - Sayı: 2
An STS, EST/Gene and YAC/PAC based physical map of the split hand-split foot type 3 (SHFM3) critical region on chromosome band 10q24
- Journal
- Gülhane Tıp Dergisi
- Pages
- 190–196
- DOI
- —
Abstract
Split-hand/split foot malformation (SHFM, ectrodactyly) is a limb malformation characterized by aberrant development of central digital rays with absence of fingers and toes. Deep median cleft and fusion of remaining digits looks like lobster-claw. SHFM is clinically and genetically heterogeneous. Three SHFM disease loci have been genetically mapped to 3 chromosomal loci: 7q21 (SHFM1), Xq26 (SHFM2), and 10q24 (SHFM3). We have previously confined the SHFM3 locus to an approximate 2 Mb interval between D10S1147 and D10S1240 by analysis of a multigenerational Turkish family. We have a/so shown that, including the other families in the literature, SHFM3 displays transmission distortion and also genetic anticipation in some families. There was a significant excess in the number of affected male sibling among the overall number of sons of affected males. The SHFM3 critical interval harbors other known disease loci including infantile onset spinocerebellar ataxia (IOSCA) and renal coloboma syndrome, which is caused by mutations in the PAX2 gene. To facilitate the identification of SHFM3, we have built a physical map across the critical region. We have analyzed and ordered 13 CEPH mega-YACs, which are selected based on the regional framework map from Whitehead Institute physical mapping database. Eight PAC clones were selected from previous physical mapping studies on the IOSCA locus. These clones are ordered by STS (Sequence Tagged Site) content mapping. A total of 38 STSs have been used to refine the physical map. Using the constructed map, we have further tested and mapped 11 ESTs (Expressed Sequence Tags) and regionally localized known 5 genes, including FGF8, PAX2, CYP17, HOX11 and LBX. We have localized FGF8, PAX2 and CYP17 and three anonymous ESTs (WI-3735, WI-6750 and WI-16946) within the SHF3 critical region. Mapping of additional EST markers and further sequencing of YAC end-points and designing of new non-polymorphic markers will cover the gap. This study is underway. This physical map will help in the identification of SHFM3 and other disease loci on chromosome band 10q24, as well as in the elucidation of mechanism of transmission distortion.
Özet
Split-hand/split-foot malformasyonu (SHFM, Yarık el/yarık ayak malformasyonu veya ektrodaktili) santral parmak hatlarının hatalı gelişimi sonucu el parmakları ve ayak parmaklarında kayıpların gelişmesi ile ortaya çıkan otozomal dominant geçişli bir ekstremite deformitesidir. Bu kayıpların yaratığı kleftler ve geride kalan parmakların birleşmesi ile ıstakoz kıskacı görünümü meydana gelir. SHFM klinik ve genetik olarak heterojen bir hastalıktır. SHFM hastalığı genetik olarak şimdiye kadar 3 kromozomal bölgeye haritalandırılmıştır: 7q21 (SHFM1), Xq26 (SHFM2), ve 10q24 (SHFM3). Biz geniş bir Türk ailesinde SHFM3 kromozomal bölgesini 9 Mb'lık bir mesafeden yaklaşık olarak 2 Mb'lık bir aralığa (D10S1147 ve D10S1240 arasına) daralttık. Literatürdeki diğer aileleri de değerlendirmeye alarak SHFM3'ün transmisyon distortsiyonu gösterdiğini ve bazı ailelere genetik antisipasyonun bulunduğunu gösterdik. Hasta erkeklerin erkek çocukları arasında hasta olanların sayısında çok belirgin bir üstünlük bulduk. SHFM3 için kritik olan genetik mesafe bazı bilinen hastalık genlerini de içermektedir: İnfantil başlangıçtı spinoserebellar ataksi (IOSCA) ve renal kolobom sendromu (PAX2 geni). SHFM3 geninin bulunmasını kolaylaştırmak için kritik bölgenin dahil olduğu bir fiziksel harita oluşturduk. Fiziksel haritanın hazırlanması için White head Institute fiziksel harita veri tabanında yer alan 13 CEPH mega-YAC klonunu seçtik. IOSCA loküsünün ye aldığı bir fiziksel haritayı kullanarak 8 PAC klonunu kullandık. Bu klonlar STS (Sequence Tagged Site) içeriklerine göre sıralandırıldı. Fiziksel haritanın düzenlenmesinde toplam 38 STS markeri kullanıldı. Oluşturulan haritanın üzerinde 11 EST (ExpressedSequence Tag) marker 1 ve 5 geni (FGF8, PAX2, CYP17, HOX11 ve LBX) test ettik. FGF8, PAX2 and CYP17 ve 3 anonim EST (WI-3735, WI-6750 ve WI-16946) markerini SHFM3 kritik bölgesine haritaladık. Bazı ilave EST markerleri incelenmesi ve YAC uçlarından elde edilen polimorfik olmayan STS elde edilmesinden sonra fiziksel haritada mevcut olan aralık kapatılmak üzeredir. Bu fiziksel harita sayesinde SHFM3 loküsü tam olarak belirlenebilecek ve 10q24 içerisinde yer alan diğer hastalık genlerinin tanımlanması daha kolay olacaktır. SHFM3 geninin bulunması transmisyon distorsiyonuna da açıklık getirebilecektir.