Retrospective Evaluation of Influenza and Other Respiratory Viruses Surveillance Data Between 2016-2018 in Samsun Public Health Laboratory

Samsun Halk Sağlığı Laboratuvarında 2016-2018 Yılları Arasında İnfluenza ve Diğer Solunum Yolu Virüsleri Sürveyans Verilerinin Retrospektif Olarak Değerlendirilmesi

Abstract

Introduction: The aim of this study was to retrospectively evaluate the sentinel and nonsentinel surveillance data of respiratory track viruses determined by the Samsun Public Health Laboratory during the 2016, 2016-2017 and 2017-2018 flu seasons.Materials and Methods: Samsun Public Health Laboratory collected nasal and nasopharyngeal samples from the following sources: designated family medicine practitioners (within the scope of influenza-like illness [ILI] surveillance), selected hospitals (within the scope of severe acute respiratory illness [SARI] surveillance), and other sources that provided nonsentinel specimens. Viral agents were identi-fied via real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR).Results: A total of 2867 ILI specimens and 3189 SARI specimens (from sentinel and nonsentinel sites) were collected and assessed. In 2016, 648 samples were tested positive, 542 were influenza A (187 H3N2 and 355 H1N1 - three were accompanied by influenza B), and 106 were influenza B. In 2016-2017, 180 samples were positive: 139 were influenza A (all H3N2) and 41 were influenza B. In 2017-2018, 290 samples were positive for influenza, 150 for influenza A (15 H3N2 and 135 H1N1 - two of which were accompanied by influenza B) and 140 for influenza B. Overall, influenza A H1N1 was identified as the most common respiratory virus in all ages during the 3 years of surveillance, with 417 positive results. The second most common virus, especially in the early childhood period, was the Respiratory syncytial virus (RSV) which was identified in 323 specimens.Conclusion: In general, although the results of ILI and SARI surveillance performed at regional level are parallel to the country and world data, there may be differences. This study determined that circulating virus distribution and seasonal peak may differ slightly. We believe that regional surveillance studies are essential in taking early andnecessary measures to fight against influenza.

Özet

Giriş: Bu çalışmada Samsun Halk Sağlığı Laboratuvarında 2016 yılı, 2016-2017, 2017-2018 sezonlarındaki sentinel ve nonsentinel sürveyans verilerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Samsun Halk Sağlığı Laboratuvarına sentinel olarak influenza benzeri hastalık (ILI) sürveyansı kapsamında, belirlenmiş aile hekimlerinden ve sentinel ağır akut solunum yolu infeksiyonları (SARI) sürveyansı kapsamında, belirli hastanelerden ve nonsentinel olarak burun ve nazofaringeal sürüntü örnekleri kabul edilmiştir. Bu örneklerde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRt-PCR) yöntemi ile viral etkenler saptanmıştır.Bulgular: ILI kapsamında 2.867 örnek, SARI kapsamında 3.189 örnek gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRt-PCR) yöntemi ile incelenmiştir. Çalışmamızda 2016 yılında; örneklerin 648’si pozitif olup, 542’si influenza A (3 tanesi influenza B ile birlikte olmak üzere 355 H1N1, 187 H3N2) ve 106’sı influenza B olarak tespit edilmiştir. 2016-2017 sezonunda örneklerin 180’i influenza virüsleri açısından pozitif olup 139’u influenza A H3N2, 41’i influenza B olarak saptanmıştır. 2017-2018 sezonunda örneklerin 290’ı influenza virüsleri açısından pozitif olup, 150’si influenza A (2 tanesi influenza B ile birlikte olmak üzere 135 H1N1, 15 H3N2) ve 140’ı influenza B olarak bulunmuştur. Diğer solunum yolu virüsleri açısından bakıldığında; üç yıllık sürede tüm yaş gruplarında, 417 örnekte influenza A H1N1 en sık saptanan virüs olmuştur. İkinci sıklıkta ise, 323 örnekte respiratuvar sinsityal virüs (RSV) görülmüş olup, özellikle erken çocukluk yaş grubundaki pozitifliği dikkat çekicidir. Sonuç: Genel olarak bölgeler düzeyinde yapılan ILI ve SARI sürveyans sonuçları ülke ve dünya verilerine paralellik gösterse de bazı farklılıklar ortaya çıkabilir. Bu çalışmada, dolaşımdaki virüs dağılımının, sezon pikinin az da olsa farklılıklar gösterebileceği saptanmıştır. Griple mücadelede, gerekli önlemlerin alınmasında erkenden harekete geçmek için bölgesel sürveyans çalışmalarının önemli olduğunu düşünmekteyiz.