Effect of sodium butyrate on some alternative splicing genes and BACE1 isoforms in Sh-Sy5y cell line

Sh-Sy5y hücre hattında sodyum bütiratın bazı alternatif kırpılma genleri ve BACE1 izoformları üzeindeki etkisi

Gülsevinç AKSOY,Ümit LÜLEYAP,Gülşah EVYAPAN,Perçin PAZARCI,Davut ALPTEKİN,Ayfer PAZARBAŞI,Mehmet Bertan YILMAZ

Abstract

Purpose: The aim of this study is to investigate effect of sodium butyrate (NaB), which is a Histon Deacetylase (HDAC) inhibitor, on BACE1 isoforms BACE1/501, BACE1/457 and BACE1/432 and alternative splicing factors including hnRNP H, U2AF35, U2AF65, SRSF1, SRSF2, SRSF5 and SRSF6. Materials and Methods: In this study, SH-SY5Y cells were treated with of 1 mM and 5 mM NaB. Then Real-Time PCR method was performed to evaluate the change in expression of alternative splicing genes and BACE1 isoforms. Results: At 5 mM NaB concentration, a relative decrease of 35% to 80% in expression of the SRSF6, SRSF1, SRSF2, SRSF5 and U2AF65 genes were detected. Morever 5 mM NaB concentration increased expression of BACE1/501, BACE1457 and BACE1/432 isoforms. As NaB concentration increase, expression of SRSF6 mRNA decreased to a lower extent than others. Conclusion: According to our results, it can be concluded that contribution of the U2AF65 and SRSF6 genes to the increase of BACE1/457 and BACE1/432 expression is higher than the other genes.

Özet

Amaç: Bu çalışmanın amacı, bir Histon Deasetilaz (HDAC) inhibitörü olan Sodyum Bütirat’ın(NaB) BACE1/501, BACE1/457 ve BACE1/432 gibi BACE1 izoformları ve hnRNP H, U2AF35, U2AF65, SRSF1, SRSF2, SRSF5 ve SRSF6 alternatif kırpılma faktörleri üzerindeki etkisini araştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada, SH-SY5Y hücreleri 1 mM ve 5 mM Na Bile muamele edilmiştir. Daha sonra BACE1 izoformları ve alternative kırpılma genlerinin ekspresyonlarındaki değişimleri değerlendirmek için Real-Time PCR yöntemi kullanılmıştır. Bulgular: 5 mM NaB konsantrasyonunda SRSF6, SRSF1, SRSF2, SRSF5 ve U2AF65 genlerinin ekspresyonlarında %35’ten %80’e kadar görece bir azalma olduğu belirlenmiştir. Ayrıca 5 Mm NaB BACE1/501, BACE1/457 ve BACE1/432 izoformlarının ekspresyonunu artırmıştır. NaB konsantrasyonu arttıkça, SRSF5 geninin ekspresyonu diğerlerinden daha fazla azalmıştır. Sonuç: Bulgularımızdan yola çıkılarak, U2AF65 ve SRSF6 genlerinin BACE1/457 ve BACE1/432 izoformlarının artışına diğer genlerden daha fazla katkı sağladığı sonucuna varılmıştır.