Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi yayın hayatına 2000 yılında " Trakya Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Dergisi, B Serisi Fen Bilimleri" olarak başlamış, 2004 yılında "Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi" adı altında devam etmiştir. 2012 yılında " Trakya University Journal of Natural Sciences " ve " Trakya University Journal of Engineering Sciences ” olarak iki dergiye ayrılmıştır. Her iki dergi de yayın hayatına devam etmektedir.