Balkan Araştırma Enstitüsü (BAE) Dergisi, 2017 yılından günümüze Web of Science - Emerging Sources Citation Index (ESCI) tarafından endekslenmekte ve 2014 yılından beri TÜBİTAK/ULAKBİM TR Dizin Sosyal ve Beşeri Bilimler Veri Tabanı' nda dizinlenmektedir . Ayrıca T.C. Başbakanlık Devlet Arşivleri Genel Müdürlüğü Veri Tabanı , Central and Eastern European Online Library (CEEOL), EBSCO , J-Gate , Modern Language Association (MLA) International Bibliography ve ProQuest tarafından taranmaktadır.