ERIC PCR DNA fingerprinting metodu Y. ruckeri’nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü bir genotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır.
📌 3 Key Takeaways
🎯
Objective & Hypothesis:Bu çalışmanın amacı, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden elde edilmiş olan Y. ruckeri izolatlarını tiplendirilmesinde farklı PCR tabanlı DNA fingerprinting metotlarını değerlendirmektir.
📊
Key Findings & Data:Gökkuşağı alabalıklarından izole edilmiş on sekiz Y. ruckeri izolatı ERIC2 primerinin kullanıldığı enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR metodu, P5, P6 ve M13 primerlerinin kullanıldığı randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA PCR metodu ve (GTG)5 primerinin kullanıldığı (GTG)5 PCR metodu ile karakterize edildi.
💡
Conclusion & Impact:ERIC PCR DNA fingerprinting metodu Y. ruckeri’nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü bir genotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır.
Bu çalışmanın amacı, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden elde edilmiş olan Y. ruckeri izolatlarını tiplendirilmesinde farklı PCR tabanlı DNA fingerprinting metotlarını değerlendirmektir. Gökkuşağı alabalıklarından izole edilmiş on sekiz Y. ruckeri izolatı ERIC2 primerinin kullanıldığı enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR metodu, P5, P6 ve M13 primerlerinin kullanıldığı randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA PCR metodu ve (GTG)5 primerinin kullanıldığı (GTG)5 PCR metodu ile karakterize edildi. Test edilen tüm primerlerin doğru bir analiz için kullanılabilir amplifikasyon ürünü oluşturduğu belirlendi. Kluster ve ayrım gücü analizi sonuçlarına göre, Y ruckeri'nin moleküler tiplendirmesi için en uygun primerin ERIC2 primeri olduğu, bunu P5, P6, M13 ve (GTG) 5 primerinin takip ettiği belirlendi. ERIC PCR DNA fingerprinting metodu Y. ruckeri’nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü bir genotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır.
Altun, S., Onuk, E.E., Çiftçi, A., Duman, M. & Büyükekiz, A.G. (2013). Determination of phenotypic, serotypic and genetic diversity and antibiotyping of Yersinia ruckeri isolated from Rainbow trout. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 19(2), 225-232.
Avendano-Herrera, R., Rodrıguez, J., Magarinos, B., Romalde, J.L. & Toranzo, A.E. (2004). Intraspecific diversity of the marine fish pathogen Tenacibaculum maritimum as determined by randomly amplified polymorphic DNA-PCR. Journal of Applied Microbiology, 96, 871-877.
Bastardo, A., Bohle, H., Ravelo, C., Toranzo, A.E. & Romalde, J.L. (2011a). Serological and molecular heterogenetity among Yersinia ruckeri strains isolated from farmed Atlantic salmon Salmo salar in Chile. Diseases Aquatic Organisim, 93, 207-214.
Bastardo, A., Ravelo, C. & Romalde, J.L.(2012). Multilocus sequence typing reveals high genetic diversity and epidemic population structure for the fish pathogen Yersinia ruckeri. Environmental Microbiology, 14(8), 1888-1897.
Bastardo, A., Sierralta, V., Leon, J., Ravelo, C. & Romalde, J.L. (2011b). Phenotypical and genetic characterization of Yersinia ruckeri strains isolated from recent outbreaks in farmed rainbow trout Oncorhynchus mykiss (Walbaum) in Peru. Aquaculture, 317, 229-232.
Çagırgan, H. & Yüreklitürk, O. (1991). First isolation of Yersinia ruckeri from rainbow trout in Turkey. Fifth International Conference, Disease of Fish and Shellfish Book of Abstracts, 131. Davies, R.L. & Frerichs, G.N. (1989). Morphological and biochemical differences among isolates of Yersinia ruckeri obtained from wide geographical areas. Journal of Fish Diseases, 12, 357-365.
Duman, M., Altun, S., Cengiz, M., Saticioglu, I.B., Buyukekiz, A.G. & Sahinturk, P. (2017). Genotyping and antimicrobial resistance genes of Yersinia ruckeri isolates from rainbow trout farms. Diseases of Aquatic Organisms, 125, 31-44.
Durmaz, R. (2008). Bakteri tiplendirme çalışmaları niçin gerekli?, XXXIII. Türk mikrobiyoloji kongresi, İstanbul, Kongre Kitabı, s, 27-30.
Ewıng, W.H., Ross, A.J., Brenner, D.J. & Fanning, G.R. (1978). Yersinia ruckeri sp. nov., the Red Mouth (RM) Bacterium, International Journal of Systematic Bacteriology, 28, 37-44.
Fidanboylu, A. (2010). Gram negatif bakterilerin moleküler tiplendirilmesinde bazı pcr tabanlı yöntemlerin karşılaştırılması. Ege Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Yüksek Lisans Tezi, İzmir.
Foschino, R., Nucera, D., Volponi, G., Picozzi, C., Ortoffi, M. & Bottero, M.T. (2008). C