Journals / Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi / 2018 / Cilt: 6 - Sayı: 2

Determination of Nuclear DNA Content of Some Spinach Accessions by Using Flow Cytometer

Flow Sitometri ile Bazı Ispanak Aksesyonlarının Çekirdek DNA İçeriklerinin Belirlenmesi

Pages
239–246
DOI
—
🏛️Bibliographic metadata and full text access for this article are provided via DergiPark.
DergiPark Record ↗
✨

AI Summary & Key Takeaways

AI Insight
⚡ TL;DR(Too Long; Didn't Read)

According to the results of the statistical analysis, the differences among DNA content of accessions were statistically important.

📌 3 Key Takeaways

🎯
Objective & Hypothesis:The aim of this research is to determine ploidy levels of 53 spinach (Spinacia oleracea L.) accessions obtained from abroad sources by using flow cytometry.
📊
Key Findings & Data:The average DNA content of spinach accessions used in the study ranged between 2.225 pg/2C (Esfenaj accession) and 2.059 pg/2C (Matador and Godir accessions).
💡
Conclusion & Impact:According to the results of the statistical analysis, the differences among DNA content of accessions were statistically important.
🔬Design:Research Article
📍Scope:Comprehensive Sample
⚙️Variables:Domain Parameters

Abstract

The aim of this research is to determine ploidy levels of 53 spinach (Spinacia oleracea L.) accessions obtained from abroad sources by using flow cytometry. According to the results of the statistical analysis, the differences among DNA content of accessions were statistically important. The average DNA content of spinach accessions used in the study ranged between 2.225 pg/2C (Esfenaj accession) and 2.059 pg/2C (Matador and Godir accessions). The mean nuclear DNA of accessions shown to be relatively stable due to low standard deviation (0.003-0.096). Based on the mitotic chromosome analyses of the some plants with different DNA contents, mitotic chromosome number of the all plants analyzed in the study were determined as 2n=12. These results indicate that all the accessions used in the study are diploid although their DNA content is significantly vary. According to the clustering analysis of the 2C DNA contents results, it was observed that eight sub clusters were formed under two main clusters. The clustering of axioms was performed in a similar manner to the multiple comparison test. As a result, the data will save time and labor convenience in a further breeding studies deal with the same 53 spinach accessions of our study.

Özet

Bu araştırmanın amacı, yurt dışından elde edilmiş olan 53 ıspanak (Spinacia oleracea L.) aksesyonunun flow sitometri ile ploidi düzeylerini belirlemektir. Araştırma verilerine göre; ıspanak aksesyonlarının çekirdek DNA içerikleri arasındaki farklılıkların istatistiki olarak önemli olduğu saptanmıştır. Araştırmada kullanılan ıspanak aksesyonlarının ortalama çekirdek DNA içeriği 2,225 pg/2C (Esfenaj çeşidi) ile 2,059 pg/2C (Matador ve Godir çeşitleri) arasında değişmiştir. Kök ucu meristem dokuları kullanılarak yapılan kromozom sayımlarında analiz edilen tüm bitkilerin 2n=12 kromozoma sahip oldukları ve dolayısıyla diploid oldukları belirlenmiştir. Bu nedenle çalışmada kullanılan aksesyonların tamamının diploid olduğu kabul edilmiştir. 2C DNA içeriklerine göre yapılan kümeleme analizi sonuçlarına göre iki ana küme altında sekiz farklı kümenin oluştuğu görülmüştür. Aksesyonların kümelenmesi çoklu karşılaştırma testinde de benzer sonucu vermiştir. Ispanak aksesyonlarında ploidi seviyelerini belirlemeye yönelik olarak yapılan bu çalışma sonucunda çalışmaya konu olan 53 ıspanak aksesyonu ile ileride yapılacak ıslah çalışmalarında araştırmacılara önemli bir zaman, enerji ve emek tasarrufu sağlayacaktır.

🔖

Cite This Article

DEVECİ, M., YAVAS, O., ŞAHİN, N., TUNA, M. (2018). Determination of Nuclear DNA Content of Some Spinach Accessions by Using Flow Cytometer. Türk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi, Cilt: 6 - Sayı: 2, 239–246. https://ajindex.com/articles/332082

📄 Full Text PDF Viewer

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

References (6)

  1. Arumuganathan K, Earle ED. 1991. Nuclear DNA Content of some important plant species. Plant Molecular Biology Reporter, 9(3): 208-218.
  2. Bennett MD, Bhandol P, Leitch IJ. 2000. Nuclear DNA amounts in angiosperms and their modern uses-807 new estimates. Ann. Bot. (London), 86: 859-909.
  3. Bennett MD, Leitch IJ. 2005. Genome size evolution in plants. ın: the evolution of the genome. Gregory, T.R., (Ed.), Elsevier Academic Press,
  4. Burlington, MA., pp: 89-162. Brechner M, deVilliers D. 2012. A Handbook for the production of CEA-grown hydroponic spinach. Cornell Controlled Environment Agriculture (CEA). Cornell University. http://www.cornellcea.com/attachments/Cornell%20CEA%2 0baby%20spinach%20handbook.pdf [Erişim:17.01.2016].
  5. Dolezel J, Bartos J. 2005. Plant DNA flow cytometry and estimation of nuclear genome size. Annals of Botany, 95: 99-110. DOI:10.1093/aob/mci005. Fujito S, Takahata S, Suzuki R, Hoshino Y, Ohmido N, Onodera Y. 2015. Evidence for a common origin of homomorphic and heteromorphic sex chromosomes in distinct spinacia species. G3: Genes, Genomes, Genetics, 5(8): 1663-1673. Gülcü R. 2016. Bazı kılçıksız brom (Bromus inermis L.) aksesyonlarının çekirdek DNA içeriklerinin belirlenmesi. Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, 34 s, Tekirdağ. Karaboz İ, Kayar E, Akar S. 2008. Flow sitometri ve kullanım alanları. Elektronik Mikrobiyoloji Dergisi, 06(2): 1-18. www.mikrobiyoloji.org/pdf/702080201.pdf. [Erişim:10.02.2016]. Karp A. 1991. Cytological techniques. P. C4:1-13. In K. Lindsey (ed.) Plant Tissue Culture Manual. Kluwer, Dordrecht, the Netherlands. Lu K, Kaepler SM, Vogel KP, Arumuganathan K, Lee DJ. 1998. Nuclear DNA content and chromosome numbers in switchgrass. Great Plains Research 8 (Fall 1998): 269-80. Ohri D. 1998. Genome size variation and plant systematics. Ann. Bot., 82 (Suppl.A.): 750-812. Örkcü P. 2016. Farklı lokasyonlardan temin edilen bamya genotiplerinin morfolojik ve sitolojik karakterizasyonu. Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, 85 s, Tekirdağ. Özdamar K. 2004. Paket programlar ile istatistiksel veri analizi (çok değişkenli analizler). Kaan Kitabevi, 279s, Eskişehir. Özkan H, Tuna M, Arumuganathan K. 2003. Non-additive chandes in genome size during allopolyl, ploidization in the wheat (Aegilops- Triticum) group. Journal of Heredity, 94 (3): 260-264.
  6. Şalk A, Arın L, Deveci M, Polat S. 2008. Özel sebzecilik. Namık Kemal Ü