AI Summary & Key Takeaways
AI InsightIn conclusion, detection of psaA and/or lytA genes by molecular methods is of value especially in "nonserotypeable strains" when they are performed with conventional methods in clinically proven S. pneumoniae isolates.
📌 3 Key Takeaways
Abstract
Streptococcus pneumoniae is one of the most frequent causative agents of community acquired pneumoniae, meningitis, sinusitis, bronchitis and otitis media both in children and adults. Conventional laboratory methods may sometimes fail to identify S. pneumoniae. The aims of this study were i) to compare the conventional methods and molecular methods which detected pneumococcal surface antigen A (psaA) and autolysin (lytA) genes; ii) to determine the serotype distribution of S. pneumoniae isolated from the respiratory samples. Randomly chosen 62 S. pneumoniae strains isolated from respiratory samples of patients with clinically proven pneumococcal pneumonia (age range: 1-79 years) between years 2000-2006, were included in the study. Classical microbiological analysis for the isolates included Gram staining, optochin sensitivity test performed in 5% CO2 and ambient air and bile solubility test. Capsular serotyping was performed by using latex particles sensitized with mono-specific typing sera (Statens Serum Institut, Denmark). Quellung reaction (Statens Serum Institut, Denmark) was used for serotyping the isolates that gave equivocal results using latex agglutination. Pneumococcal surface antigen A and autolysin genes were detected by in-house polymerase chain reaction (PCR) using psaA1 (5'-CTT TCT GCA ATC ATT CTT G), psaA2 (5'-GCC TTC TTT ACC TTG TTC TGC), lytAF (5'-ACG CAA TCT AGC AGA TGA AGC) and lytAR (5'-TGT TTG GTT GGT TAT TCG TGC) primers. Twenty six different serotypes were detected in 62 S. pneumoniae isolates. The most prevalent capsule serotype was 14 (n= 6), followed by 19A (n= 5). Four isolates could not be typed by the available antisera. All the isolates were optochin sensitive with or without carbondioxide incubation and were bile soluble. All the isolates included in the study have harboured (100%) psaA and lytA genes. No difference was found between the classical and molecular methods for the identification of S. pneumoniae isolates. In conclusion, detection of psaA and/or lytA genes by molecular methods is of value especially in "nonserotypeable strains" when they are performed with conventional methods in clinically proven S. pneumoniae isolates.
Özet
Streptococcus pneumoniae, çocuk ve yetişkinlerde toplum kökenli pnömoni, menenjit, sinüzit, bronşit ve otitis media gibi enfeksiyonların önemli etkenleri arasında yer almaktadır. Pnömokokların laboratuvar tanısında konvansiyonel yöntemler bazen yetersiz kalmakta ve bu durum özellikle serotiplendirilemeyen S.pneumoniae suşları varlığında güçlük yaratmaktadır. Bu çalışma, solunum yolu örneklerinde S.pneumoniae tanımlanmasında kullanılan klasik yöntemler ile yüzey antijeni A (psaA) ve otolizin (lytA) gen varlığını saptayan moleküler yöntemlerin karşılaştırılması ve izolatların serotip dağılımının belirlenmesi amacıyla planlanmıştır. Çalışmada, 2000-2006 yılları arasında pnömokoksik pnömoni tanısı almış hastaların (yaş aralığı: 1-79 yıl) solunum yolu örneklerinden izole edilen rastgele seçilmiş 62 S.pneumoniae izolatı kullanılmıştır. Tüm izolatların tanısı, Gram boyama, %5 C02'li ve normal atmosferde optokin duyarlılık testi ve safrada çözünürlük testi gibi klasik laboratuvar testleri ile konulmuştur. Kapsül tiplendirmesi, lateks aglutinasyon yöntemi (Statens Serum Institut, Denmark) ile yapılmış; bu yöntemle belirlenemeyen izolatlar için Quellung reaksiyonu (Statens Serum Institut, Denmark) yöntemi uygulanmıştır. Virülans faktörleri; pnömokok yüzey antijeni A (psaA) ve otolizin (JytA) gen varlığı, sırasıyla psaA1 (5'-CTT TCT GCA ATC ATT CTT G) ile psaA2 (5'-GCC TTC TTT ACC TTG TTC TGC) ve lytAF (5'-ACG CAA TCT AGC AGA TGA AGC) ile lytAR (5'-TGT TTG GTT GGT TAT TCG TGC) primerleri kullanılarak, "in house" polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile gösterilmiştir. Altmış iki S.pneumoniae izolatının 26 ayrı kapsül serotipine sahip olduğu bulunmuş; en sık saptanan iki serotip sırasıyla serotip 14 (n= 6) ve 19A (n= 5) olarak belirlenmiştir. Dört izolatın kapsül tipi kullanılan testlerle tespit edilememiştir. Seçilen tüm izolatların %5 C02'li ve normal atmosfer ortamında optokine duyarlı ve safrada çözünür olduğu tespit edilmiş (%100) ve hepsi nin (%100) psoÂve lytA geni içerdiği saptanmıştır. S.pneumoniae'nın laboratuvar tanısı için kullanılan klasik ve moleküler yöntemler arasında fark gözlenmemiştir. Sonuç olarak, S.pneumoniae izolatlarında, özellikle "serotiplendirilemeyen" suşların kesin ve doğru laboratuvar tanısında klasik testlerin yanısıra, psaA ve/veya lytA gen bölgesine yönelik moleküler yöntemlerin uygulanmasının, sonuçların güvenilirliği açısından değer taşıdığı kanısına varılmıştır.