Journals / Mikrobiyoloji Bülteni / 2014 / Cilt: 48 - Sayı: 2

Investigation of the clonal relationship between nosocomial Acinetobacter baumannii isolates by Rep-PCR

Hastane enfeksiyonu etkeni olan Acinetobacter baumannii izolatları arasındaki klonal ilişkinin Rep-PCR ile araştırılması

Pages
316–324
DOI
—
🏛️Bibliographic metadata and full text access for this article are provided via DergiPark.
DergiPark Record ↗
✨

AI Summary & Key Takeaways

AI Insight
⚡ TL;DR(Too Long; Didn't Read)

Clonal distribution of resistant strains in the hospital environment emphasizes the significance of infection control measures.

📌 3 Key Takeaways

🎯
Objective & Hypothesis:Acinetobacter spp. are opportunistic bacterial pathogens primarily associated with hospital-acquired infections and the spread of multidrug resistant Acinetobacter strains is a growing problem in terms of infection control.
📊
Key Findings & Data:A total of 75 Acinetobacter strains isolated from various clinical samples of the hospitalized patients between October 2011-May 2012 were included in the study.
💡
Conclusion & Impact:Clonal distribution of resistant strains in the hospital environment emphasizes the significance of infection control measures.
🔬Design:Research Article
📍Scope:2011 Verileri
⚙️Variables:Domain Parameters

Abstract

Acinetobacter spp. are opportunistic bacterial pathogens primarily associated with hospital-acquired infections and the spread of multidrug resistant Acinetobacter strains is a growing problem in terms of infection control. The aim of this study was to determine the clonal relationship between strains of nosocomial Acinetobacter baumannii by using rep-PCR method. A total of 75 Acinetobacter strains isolated from various clinical samples of the hospitalized patients between October 2011-May 2012 were included in the study. Antibiotic susceptibilities of Acinetobacter isolates were investigated by Kirby-Bauer disk diffusion method according to CLSI guidelines. According to disk diffusion test, the resistance rates for piperacillin, piperacillin-tazobactam, cefepime, ceftazidime, imipenem, meropenem, gentamicin, amikacin, tetracycline, levofloxacin, ciprofloxacin and trimetoprim-sulfamethoxazole were 96%, 96%, 97.3%, 89.3%, 96%, 94.6%, 66.7%, 85.3%, 68%, 82.7%, 97.3% and 89.3% respectively. In this study, 73 (97%) strains were found resistant to three or more than three antibiotics (multidrug resistant). Rep- PCR analysis have shown the presence of eight clones, including two major clones [A (7subtypes), B (3 subtypes)] and six unique clones (C-H). Clone A was found to be the dominant type. Fifty-four (72%) of the 75 Acinetobacter strains belonged to clone A, 13 (17.3%) to clone B, two strains to clone C, D, and one of each to the other clones (E, F, G, H). Clone A was isolated from 71% (20/28), 70% (7/10) and 100% (6/6) of the samples sent from reanimation intensive care unit, surgery ward and internal diseases intensive care units, respectively. The time interval between the first and last strain was eight months. The results of this study indicated an increase in the resistance rates of Acinetobacter strains in our hos- pital and this increase was attributed to the clonal dissemination of the strains. Strains of the clone A were found to be dominant at the intensive care and other clinics of our hospital. It is contemplated that Acinetobacter strains were scattered as a result of cross transmission and patient transfer among clinics. The rep-PCR method which was used in this study was evaluated as a rapid, easily applicable and successful procedure for epidemiological studies. Clonal distribution of resistant strains in the hospital environment emphasizes the significance of infection control measures.

Özet

Acinetobacter türleri hastane kaynaklı enfeksiyonlara neden olan fırsatçı patojenlerdir ve çoklu ilaç direncine sahip Acinetobacter türlerinin hastane ortamında yayılması enfeksiyon kontrolü açısından önemli bir problemdir. Bu çalışmada, hastane kaynaklı A.baumannii izolatlarının klonal yakınlıklarının, rep-PCR yöntemiyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ekim 2011-Mayıs 2012 tarihleri arasında, hastanede yatan hastaların klinik örneklerinden izole edilen toplam 75 Acinetobacter izolatı dahil edilmiştir. Acinetobacter izolatlarının antibiyotik duyarlılıkları, CLSI önerileri doğrultusunda, Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle test edilmiştir. Piperasilin, piperasilin-tazobaktam, sefepim, seftazidim, imipenem, meropenem, gentamisin, amikasin, tetrasiklin, levofloksasin, siprofloksasin ve trimetropim-sülfametok- sazole direnç oranları sırasıyla; %96, %96, %97.3, %89.3, %96, %94.6, %66.7, %85.3, %68, %82.7, %97.3, %89.3 olarak belirlenmiştir. Çalışmadaki izolatların 73 (%97)’ünde üç veya daha fazla grup antibiyotiğe direnç (çoklu ilaç direnci) saptanmıştır. Rep-PCR ile yapılan klonal ilişki analizi sonucunda iki ana klon [A (7 alt tip), B (3 alt tip)] olmak üzere toplam sekiz (A-H) farklı klon tespit edilmiş; A klonunun baskın tip olduğu belirlenmiştir. Yetmiş beş Acinetobacter izolatının %72 (n= 54)’sinin A klonuna ait olduğu tespit edilmiş; B klonuna ait 13 izolat, C ve D klonlarında ikişer izolat, diğer klonlarda (E, F, G, H) ise birer izolat saptanmıştır. A klonu, reanimasyon yoğun bakım ünitesi örneklerinin %71 (20/28)’inden, cerrahi servislerinden gönderilen örneklerin %70 (7/10)’inden ve dahiliye yoğun bakım ünitesi örneklerinin tamamından (6/6) izole edilmiştir. İlk ve son izolatın izolasyon tarihleri arasında sekiz aylık süre olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada hastanemize ait Acinetobacter izolatlarının direnç oranlarında artış izlenmiş ve bu artışın aynı klona ait izolatların yayılımı ile paralel olduğu ortaya konmuştur. A klonuna ait izolatların, hastanemiz yoğun bakım ünitelerinde ve diğer servislerde hakim olduğu görülmüştür. Acinetobacter izolatlarının servisler arası transfer edilen hastalar ve çapraz bulaşlar sonucu yayıldığı düşünülmüştür. Çalışmada kullanılan rep-PCR yönteminin epidemiyolojik çalışmalarda ve enfeksiyon kontrolünde kullanılabilecek kolay uygulanabilen, hızlı ve başarılı bir yöntem olduğu kanısına varılmıştır. Dirençli izolatların hastane ortamındaki dağılımının klonal ilişki göstermesi, enfeksiyon kontrol önlemlerinin önemini bir kez daha vurgulamaktadır.

🔖

Cite This Article

GÜLBUDAK, H., ASLAN, G., ÜLGER, S. T., ERSÖZ, G., ÜLGER, M., OTAĞ, F., KUYUCU, N., EMEKDAŞ, G. (2014). Investigation of the clonal relationship between nosocomial Acinetobacter baumannii isolates by Rep-PCR. Mikrobiyoloji Bülteni, Cilt: 48 - Sayı: 2, 316–324. https://ajindex.com/articles/298540

References (14)

  1. Joly-Guillou ML. Clinical impact and pathogenicity of Acinetobacter. Clin Microbiol Infect 2005; 11(11): 868-73
  2. Dijkshoorn L, Nemec A, Seifert H. An increasing threat in hospitals: multidrug-resistant Acinetobacter baumannii. Nat Rev Microbiol 2007; 5(12): 939-51
  3. Seifert H, Dijkshoorn L, Gerner-Smidt P, Pelzer N, Tjernberg I, Vaneechoutte M. Distribution of Acinetobacter species on human skin: comparison of phenotypic and genotypic identification methods. J Clin Microbiol 1997; 35(11): 2819-25
  4. Howard A, O’Donoghue M, Feeney A, Sleator RD. Acinetobacter baumannii: an emerging opportunistic pathogen. Virulence 2012; 3(3): 243-50
  5. García-Garmendia JL, Ortiz-Leyba C, Garnacho-Montero J, et al. Risk factors for Acinetobacter baumannii nosocomial bacteremia in critically ill patients: a cohort study. Clin Infect Dis 2001; 33(7): 939-46
  6. Perez F, Hujer AM, Hujer KM, Decker BK, Rather PN, Bonomo RA. Global challenge of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii. Antimicrob Agents Chemother 2007; 51(10): 3471-84
  7. Naas T, Coignard B, Carbonne A, et al. VEB-1 extended-spectrum beta-lactamase-producing Acinetobacter baumannii, France. Emerg Infect Dis 2006; 12(8): 1214-22
  8. Peleg AY, Seifert H, Paterson DL. Acinetobacter baumannii: emergence of a successful pathogen. Clin Microbiol Rev 2008; 21(3): 538-82
  9. Fontana C, Favaro M, Minelli S, et al. Acinetobacter baumannii in intensive care unit: novel system to study clonal relationship among the isolates. BMC Infect Dis 2008; 8: 79
  10. Saeed S, Fakih MG, Riederer K, Shah AR, Khatib R. Interinstitutional and intrainstitutional transmission of a strain of Acinetobacter baumannii detected by molecular analysis: comparison of pulsed-field gel electropho- resis and repetitive sequence-based polymerase chain reaction. Infect Control Hosp Epidemiol 2006; 27(9): 981-3
  11. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. 22nd Informational Supplement. CLSI Document M100-S22, 2012. CLSI, Wayne, PA
  12. Lee K, Yong D, Jeong SH, Chong Y. Multidrug-resistant Acinetobacter spp.: increasingly problematic nosocomial pathogens. Yonsei Med J 2011; 52(6): 879-91
  13. Ozdem B, Gürelik FC, Celikbilek N, Balıkçı H, Açıkgöz ZC. Antibiotic resistance profiles of Acinetobacter species isolated from several clinical samples between 2007-2010. Mikrobiyol Bul 2011; 45(3): 526-34
  14. Iraz M, Ceylan A, Akkoyunlu Y. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Acin