AI Summary & Key Takeaways
AI InsightHence we believe that discordant sib pair approach might be useful for association mapping in domestic species.
📌 3 Key Takeaways
Abstract
Association mapping seeks for markers at vicinity of genes affecting on complex traits. Family based association studies extensively used in human genetics for mapping genes. Discordant Sib Pair (DSP) design has advantages in controlling population stratification. The main aim of this paper was to investigate relation between number of discordant sib pairs to association mapping using QTL-MAS 2010 simulated dataset. The pedigree included four generations with 2326 individuals for quantitative trait. The genome consisted of 10031 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) distributed over 5 chromosomes. We used mixed model to perform genome wide association analyses. In addition count of marker alleles in the affected and unaffected sib pairs contrasted to detect putative association. Most of the QTLs were located at chromosome 1 and 3. Genome based heritability were found to be more accurate compared with traditional pedigree based estimates of heritability. Since error rate decreases with increasing number of sib pairs the increasing proportions of success rate is not surprising. It is much more likely to have larger number of sib pairs in animal genetics compared with human genetics. Hence we believe that discordant sib pair approach might be useful for association mapping in domestic species.
Özet
İlişki haritalamacılığı; genler civarında yeralan ve karmaşık verimleri etkileyen işaretleyicileri tesbit etmeyi amaçlar. Genlerin haritalanmasında aile tabanlı çalışmalar sıklıkla kullanılagelmiştir. Ayrık kardeşler deneme deseni populasyon tabakasını kontrol etmek için faydalıdır. Bu çalışmanın amacı QTL-MAS 2010 simule verisini kullanarak ayrık kardeş sayısının ilişki haritalamacılığı ile bağıntısını incelemektir. Pedigri dört kuşağı 2326 birey için içermektedir. Kalıtga(genom) 10031 tekil nükleotid polimorfizmin 5 kromozoma dağıtılması ile oluşturulmuştur. Biz ilişki haritalamacılığını karışık etkili modeller kullanarak tespit ettik. Buna ek olarak mümkün ilişkiyi bulmak için hasta ve sağlıklı kardeşlerin farklı allelerini saydık. Pek çok QTL 1. ve 3. kromozomlarda bulunuldu. Kalıtga tabanlı kalıtım derecesi, geleneksel pedigri tabanlı kalıtım derecesinden daha doğru bir şekilde tahmin edildi. Kardeş sayısı arttıkça hata oranı azaldı ve buna bağlı olarak başarı oranı arttı. Hayvan genetiği çalışmalarında aile başına kardeş sayısı insan genetiğine oranla daha fazla olabilmektedir. Bu gözlemlerden dolayı ayrık kardeşler deneme deseninin çiftlik hayvanlarının ilişki haritalamacılığında kullanışlı olabileceği sonucuna vardık.