AI Summary & Key Takeaways
AI InsightThis study provides the first data on molecular prevalence, phylogenetic characterization and BZ resistance in H. contortus populations from sheep in Turkey
📌 3 Key Takeaways
Abstract
This study was conducted to determine the molecular prevalence and characterization of Haemonchus contortus from sheep along with the benzimidazole (BZ) resistance in H. contortus populations. Fecal samples were collected from a total of 300 sheep in research area and analyzed by fecal flotation. qPCR assays were utilized on trichostrongylid egg positive samples in order to identify H. contortus. Phylogenetic analyses were performed on ribosomal ITS-2 and mt-COI gene regions. BZ sensitive and resistant allele frequencies were determined by qPCR along with sequence analyses of the ?-tubulin isotype 1 gene for single nucleotide polimorphizms (SNPs). H. contortus was identified in 36 (24.8%) out of 145 trichostrongylid egg positive samples. H. contortus isolates showed 100.0% identity to each other and 0.1% difference with the isolates available in the GenBank based on phylogenetic analyses of ITS-2 gene while mt-COI analyses of the isolates exhibited a mean of 97.4±0.5% identity to each other and 5.5±0.8% difference with the isolates in GenBank. BZ sensitive and resistant allele frequencies in H. contortus populations were determined as 87.1%±16.2 and 12.9%±16.2, respectively. SNPs were detected only in the codon 200 of the sequenced isolates belong to resistant allele. This study provides the first data on molecular prevalence, phylogenetic characterization and BZ resistance in H. contortus populations from sheep in Turkey
Özet
Bu çalışmada koyunlarda Haemonchus contortus'un moleküler prevalansı ve karakterizasyonu ile benzimidazol (BZ) dirençliliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırma yöresinde toplam 300 koyundan dışkı örnekleri toplanmış ve fekal yüzdürme yöntemiyle incelenmiştir. Trichostrongylid yumurtalarıyla pozitif belirlenen örneklerde H. contortus identifikasyonu için qPCR analizleri gerçekleştirilmiştir. Filogenetik analizler H. contortus izolatlarının ribosomal ITS-2 ve mt-COI gen bölgeleri üzerinde yürütülmüştür. BZ duyarlı ve dirençli allel sıklıkları ?-tubulin izotip 1 gen bölgesindeki tek nükleotid polimorfizmi (SNPs) temelinde qPCR ile belirlenmiş, ayrıca ilgili genin sekans analizleri gerçekleştirilmiştir. Trichostrongylid yumurtalarıyla pozitif 145 örneğin 36'sında (%24.8) qPCR ile H. contortus identifiye edilmiştir. ITS-2 gen bölgesi filogenetik analizine göre H. contortus izolatlarının %100 identik oldukları ve GenBank'ta mevcut izolatlarla %0.1 genetik farklılık gösterdikleri belirlenirken mt-COI sekans analizleri izolatların ortalama %97.4±0.5 identiklik ve GenBank'ta mevcut izolatlarla da %5.5±0.8 farklılık gösterdiklerini ortaya koymuştur. H. contortus populasyonlarında BZ duyarlı ve dirençli allel sıklıkları qPCR ile sırasıyla %87.1±16,2 ve %12.9±16.2 belirlenmiştir. Dirençli allele ait izolatların sekans analizlerinde yalnızca 200. kodonda SNPs saptanmıştır. Bu çalışma ile Türkiye'de koyunlarda H. contortus'un moleküler prevalansı ve genetik karakterizasyonu üzerine ilk veriler sağlanmış ve H. contortus popülasyonlarında BZ dirençliliği ortaya konmuştur