Journals / Bezmiâlem Science / 2021 / Cilt: 9 - Sayı: 1

COVİD-19’un Mikrobiyolojik Tanısı

Microbiological Diagnosis of COVID-19

Pages
55–60
DOI
—
🏛️Bibliographic metadata and full text access for this article are provided via DergiPark.
DergiPark Record ↗
✨

AI Summary & Key Takeaways

AI Insight
⚡ TL;DR(Too Long; Didn't Read)

Virüs nötralizasyon testleri antikorların işlevselliğini ortaya koyması nedeniyle diğer serolojik testlere göre daha anlamlı sonuçlar ortaya koymaktadır.

📌 3 Key Takeaways

🎯
Objective & Hypothesis:Koronavirüs hastalığı-19 (COVİD-19) hastalığına neden olan şiddetli akut solunum yolu enfeksiyonu CoV-2 (SARS-CoV-2) virüsünü tespit etmek amacıyla çeşitli testler kullanılmaktadır.
📊
Key Findings & Data:Günümüzde revers-transkripsiyon tepkimesiyle birleştirilmiş Realtime (RT)- polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) testi SARS-CoV-2’yi teşhis etmek için kullanılan altın standart yöntemdir.
💡
Conclusion & Impact:Virüs nötralizasyon testleri antikorların işlevselliğini ortaya koyması nedeniyle diğer serolojik testlere göre daha anlamlı sonuçlar ortaya koymaktadır.
🔬Design:Research Article
📍Scope:Comprehensive Sample
⚙️Variables:Domain Parameters

Abstract

Koronavirüs hastalığı-19 (COVİD-19) hastalığına neden olan şiddetli akut solunum yolu enfeksiyonu CoV-2 (SARS-CoV-2) virüsünü tespit etmek amacıyla çeşitli testler kullanılmaktadır. Günümüzde revers-transkripsiyon tepkimesiyle birleştirilmiş Realtime (RT)- polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) testi SARS-CoV-2’yi teşhis etmek için kullanılan altın standart yöntemdir. Bu yöntem, örnekte sadece SARS-CoV-2’nin varlığını değil aynı zamanda virüs miktarınıda belirlediği için kantitatif PZR (RT-qPZR) olarak anılmaktadır. Virüse özgül primerlerin kullanılması sebebiyle testlerin özgüllüğü %100 olarak kabul edilmektedir. Bu test için nazofarengeal ve boğaz gibi üst solunum yollarından alınan sürüntü örnekleri, balgam ve bronkoalveoler lavaj sıvısı gibi alt solunum yollarına ait alanlardan alınan örnekler, rektal sürüntü, dışkı, serum ve idrar örnekleri tercih edilmektedir. Örnek alma ve test çalışılması sırasında kişisel koruyucu ekipmanların sağlık çalışanları tarafından doğru kullanımı önemlidir. SARS-CoV-2 tanısı için RT-qPZR testine ilave olarak kullanılan hızlı antijen testleri teorik olarak hızlı sonuçlanma zamanı ve düşük maliyetli olmasından dolayı avantaj sağlar ancak bu yöntemin duyarlılığının oldukça düşük olduğu bilinmektedir. Hücre kültürü SARS-CoV-2 tespit etmek amacıyla kullanılabilir ancak sonuçların uzun zaman alması, emek gerektirmesi ve uzmanlık isteyen bir yöntem olması nedeniyle tanı amaçlı ve rutin olarak gerçekleştirilmez. Serolojk testler bu hastalığın tanısında ve takibinde sıklıkla kullanılmaktadır. Bunlar esas olarak ELISA, kemilüminesans testi (CLIA), immünofloresan testi (IFA), western blot (WB), protein microarray (mikrodizi) ve nötralizasyondur. ELISA bazlı immünoglobulin (Ig)M ve IgG antikor testlerinin, COVİD-19 tanısında %95’ten fazla özgüllüğe sahip olduğu belirtilmektedir. SARS-CoV-2 ile enfekte olan hastalarda en erken 7-11 gün sonra antikor cevabı geliştiği için hastalığın akut tanısında yararlı değildir. Virüs nötralizasyon testleri antikorların işlevselliğini ortaya koyması nedeniyle diğer serolojik testlere göre daha anlamlı sonuçlar ortaya koymaktadır.

Özet

Various tests are used to detect the severe acute respiratory syndrome-coronirus-2 (SARS-CoV-2) virus causing Coronavirus disease-19 (COVID-19) disease. Today, the realtime (RT) -PCR test combined with the reverse-transcription reaction is the gold standard method used to diagnose SARS-CoV-2. This method is referred to as quantitative realtime PCR (RT-qPCR) because it determines not only the presence of SARS-CoV-2 but also the amount of virus in the specimen. Due to the use of virus-specific primers, the specificity of the tests is considered to be 100%. For this test, swab samples taken from the upper respiratory tract such as nasopharyngeal and throat, samples from the lower respiratory tract areas such as sputum and bronchoalveolar lavage fluid, rectal swab, feces, serum and urine samples are preferred. Correct use of personal protective equipment (PPE) by healthcare professionals during sampling and testing is important. Rapid antigen tests used in addition to RT-qPCR test for the diagnosis of SARS-CoV-2 are advantageous due to the theoretical rapid result time and low cost, but the sensitivity of this method is known to be very low. Virus detection in cell cultures can be used to detect SARS-CoV-2, but it is not for routine diagnostic because the results take a long time, require labor, and expertise. Serological tests are frequently used in the diagnosis and follow-up of this disease. These are mainly ELISA, CLIA, immunofluorescence test (IFA), western blot (WB), protein microarray (microarray) and neutralization. ELISA based immunoglobulin (Ig)M and IgG antibody tests have more than 95% specificity in the diagnosis of COVID-19.

🔖

Cite This Article

GÜLTEPE, B. S., DOYMAZ, M. Z. (2021). COVİD-19’un Mikrobiyolojik Tanısı. Bezmiâlem Science, Cilt: 9 - Sayı: 1, 55–60. https://ajindex.com/articles/214035

📄 Full Text PDF Viewer

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

References (13)

  1. Shi Y, Wang G, Cai XP, Deng JW, Zheng L, Zhu HH, et al. An overview of COVID-19. J Zhejiang Univ Sci B 2020;21:343-60
  2. Gaunt ER, Hardie A, Claas EC, Simmonds P, Templeton KE. Epidemiology and clinical presentations of the four human coronaviruses 229E, HKU1, NL63, and OC43 detected over 3 years using a novel multiplex real-time PCR method. J Clin Microbiol 2010;48:2940-7
  3. Loeffelholz MJ, Tang YW. Laboratory diagnosis of emerging human coronavirus infections - the state of the art. Emerg Microbes Infect 2020;9:747-56
  4. Cheng PK, Wong DA, Tong LK, Ip SM, Lo AC, Lau CS, et al. Viral shedding patterns of coronavirus in patients with probable severe acute respiratory syndrome. Lancet 2004;363:1699-700
  5. Al-Abdely HM, Midgley CM, Alkhamis AM, Abedi GR, Lu X, Binder AM, et al. Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Infection Dynamics and Antibody Responses among Clinically Diverse Patients, Saudi Arabia. Emerg Infect Dis 2019;25:753-66
  6. Poissy J, Goffard A, Parmentier-Decrucq E, Favory R, Kauv M, Kipnis E, et al. Kinetics and pattern of viral excretion in biological specimens of two MERS-CoV cases. J Clin Virol 2014;61:275-8
  7. Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet 2020;395:497-506
  8. Centers for Disease Control and Pevention. Interim guidelines for collecting, handling, and testing clinical specimens from persons for coronavirus disease 2019 (COVID-19). Last Accessed Date: 27.03.2020. Available from: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019- nCoV/lab/guidelines-clinical-specimens.html. Report No
  9. To KK, Tsang OT, Leung WS, Tam AR, Wu TC, Lung DC, et al. Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study. Lancet Infect Dis 2020;20:565-74
  10. Yu F, Yan L, Wang N, Yang S, Wang L, Tang Y, et al. Quantitative detection and viral load analysis of SARS-CoV-2 in infected patients. Clin Infect Dis 2020;71:793-8
  11. Zhang W, Du RH, Li B, Zheng XS, Yang XL, Hu B, et al. Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes. Emerg Microbes Infect 2020;9:386-9
  12. Hong KH, Lee SW, Kim TS, Huh HJ, Lee J, Kim SY, et al. Guidelines for laboratory diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in Korea. Ann Lab Med 2020;40:351-60
  13. Holshue ML, DeBolt C, Lindquist S, Lofy KH, Wi