AI Summary & Key Takeaways
AI InsightThese findings indicate that antifungal susceptibility has decreased in some species and requires careful monitoring.
📌 3 Key Takeaways
Abstract
Changes in the distribution of causative species and antifungal susceptibility in candidiasis might affect prognosis in patients. This study aims to compare the distribution and antifungal susceptibility of fungal species isolated from blood cultures before (2016-2019) and after (2020-2024) the COVID-19 pandemic. In the study, fungal species isolated from blood cultures between 2016 and 2024 at the Medical Microbiology Laboratory of Gazi University Faculty of Medicine were evaluated. Blood cultures were incubated on the BACT/ALERT® 3D device during the pre-COVID-19 and post-COVID-19 periods. Phenotypic methods (ID32C) were used to identify the growing fungi before the pandemic, while the VITEK® MS (MALDI-TOF MS) system was used in the post-pandemic period. Antifungal susceptibility tests were performed using the CLSI M27-A3 microdilution reference method. A total of 148734 blood cultures collected at Gazi University Hospital between 2016-2019 and 2020-2024 were analyzed. In the pre-COVID-19 period, the positive culture rate was 16% (8397/53835) and the fungal positivity rate was 5% (391/8397), while in the post-pandemic period, these rates were 17% (16,572/94,899) and 5% (845/16,572), respectively. The four most frequently isolated species in both periods were Candida albicans (40% → 39%), Nakaseomyces glabratus (19% → 18%), Candida parapsilosis (14% → 23%), and Candida tropicalis (9% → 7%), with the increase in C. parapsilosis being statistically significant (p=0.011). Based on MIC90 values, increase was detected for fluconazole in C. tropicalis (4→8 µg/ml), voriconazole in N. glabratus and C. tropicalis (0.25→2 and 0.25→4 µg/ml, respectively), and amphotericin B in C. albicans and C. parapsilosis (0.25→1 µg/ml). These findings indicate that antifungal susceptibility has decreased in some species and requires careful monitoring. Limited differences were observed in the distribution of pathogens before and after the pandemic, but notable increases in antifungal resistance were observed. It is recommended that clinical microbiology laboratories regularly evaluate species and susceptibility distributions.
Özet
Kandidemilerde etken tür dağılımında ve antifungal duyarlılık durumundaki değişimler, hastalarda prognozu etkileyebilmektedir. Bu çalışma, COVID-19 pandemisi öncesi (2016-2019) ve sonrası (2020-2024) dönemlerde kan kültürlerinden izole edilen mantar türlerinin dağılımlarını ve antifungal duyarlılıklarını karşılaştırmayı amaçlamaktadır. Çalışmada, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2016-2024 yılları arasında kan kültürlerinden izole edilen mantar türleri değerlendirilmiştir. Kan kültürleri COVID-19 öncesi ve COVID-19 sonrası dönemde BACT/ALERT® 3D cihazında inkübe edilmiştir. Üreyen mantarların tanımlanmasında pandemiden önce fenotipik yöntemler (ID32C) kullanılırken, pandemi sonrası dönemde VITEK® MS (MALDI-TOF MS) sisteminden yararlanılmıştır. Antifungal duyarlılık testleri CLSI M27-A3 mikrodilüsyon referans yöntemiyle yapılmıştır. Gazi Üniversitesi Hastanesi’nde 2016-2019 ve 2020-2024 dönemlerinde alınan toplam 148734 kan kültürünün analizi yapılmıştır. COVID-19 öncesi dönemde pozitif kültür oranı %16 (8397/53835) ve mantar pozitifliği %5 (391/8397) iken, pandemi sonrası dönemde bu oranlar sırasıyla %17 (16.572/94.899) ve %5 (845/16.572) olarak saptanmıştır. En sık izole edilen dört tür her iki dönemde Candida albicans (%40→%39), Nakaseomyces glabratus (%19→%18), Candida parapsilosis (%14→%23) ve Candida tropicalis (%9→%7) olmuş, C. parapsilosis’teki artış istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0.011). MİK90 değerleri esas alındığında flukonazol için C. tropicalis’te (4→8 µg/ml), vorikonazol için N. glabratus ve C. tropicalis’te (sırasıyla 0.25→2 ve 0.25→4 µg/ml), amfoterisin B için ise C. albicans ve C. parapsilosis’te (0.25→1 µg/ml) artış izlenmiştir. Bu bulgular, bazı türlerde antifungal duyarlılığın azaldığını ve dikkatli izlenmesi gerektiğini göstermektedir. Pandemi öncesi ve sonrası dönemde etken dağılımlarında sınırlı farklılıklar izlenmiş, antifungal direnç açısından dikkat çekici artışlar gözlemlenmiştir. Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarının düzenli aralıklarla tür ve duyarlılık dağılımlarını değerlendirmesi önerilmektedir.