Dergiler / Veri Bilimi / 2018 / Cilt: 1 - Sayı: 1
DNA Dizilerinin Graf Benzetim Yolu İle Karşılaştırılması
- Dergi
- Veri Bilimi
- Sayfa
- 15–19
- DOI
- —
Özet
Bu çalışmanın amacı farklı DNA örneklerindeki dizilimlerin benzerlik oranını hesaplamaktır. DNA verilerinin büyüklüklerinin getirdiği işlem hacmini kısaltmak ve performansı arttırmak için,DNA dizileri sıkıştırılıp motif çıkarımı yapıldı. Bunun için LZ Sıkıştırma algoritması kullanıldı. Elde edilen motiflerden her biri sadece bir graf düğümünü ifade ederken bu motiflerin sırası da düğümlerin komşuluklarını ifade edecek şekilde grafa dönüştürüldü. Her bir DNA’dan elde edilen graf, DNA’lardaki benzerliği bulabilmek için kullanıldı. Graflar üzerinden benzerlik oranını hesaplayan algoritmalardan, her iki Komşu Eşleşme ve Kosinüs Benzerliği metotlarını karşılaştırdık. Buna göre Kosinüs Benzerliği’nin Komşu Eşleşme’ye göre daha performanslı olduğunu gösterdik.
Abstract
The aim of this study is to calculate the similarity ratio of the sequences in different DNA samples. In order to increase the performance and shorten the transaction volume of the DNA data, DNA sequences were compressed and DNA motifs were obtained. For this, the LZ Compression algorithm was used. While each of the obtained motifs was only a graph node, the order of these motifs was transformed into graphs expressing the edge of the nodes. The obtained graph from each DNA was used to find the similarity in DNA. According to the algorithms calculating the similarity ratio on the graphs, we compared both Neighbor Matching and Cosinus Similarity methods and then we showed that Cosinus Similarity is more efficient than Neighbor Matching.