Eksudatif Yaşa Bağlı Makula Dejenerasyonu Olan Türk Hastalarda HTRA1 ve CFH Gen Polimorfi zmleri

HTRA1 and CFH Gene Polymorphisms in Turkish Patients with Exudative Age Related Macular Degeneration

Yeşim ERÇALIK, Yavuz BARDAK, Özkan BAĞCI, Handan BARDAK, Murat GÜNAY, Halil ÖZBAŞ

Özet

Amaç: Eksudatif yaşa bağlı makula dejenerasyonu (YBMD) olan Türk hastalarda, HTRA1 (HTRA serine peptidase1) ve CFH (complement factor H) genlerinin incelenmesi. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya 39 eksudatif YBMD hastası ve kontrol grubu olarak ekzom dizileme datası olan 250 sağlıklı birey dahil edildi. Senil makula dejenerasyonu açısından bilinen çevresel ve sistemik risk faktörlerinin olduğu olgular çalışmaya alınmadı. Genomik DNA periferik kandan izole edildi ve yeni nesil dizileme tekniği ile analiz edildi. HTRA1’in tüm kodlayıcı eksonları ve CFH’nin seçilmiş eksonları (3, 9 ve 10) incelendi. Bulgular: Çalışma grubunda CFH’nin sekans analizi ile 2 genetik varyasyon bulundu. Sonuçlarımıza göre bu varyasyonlar rs1061170 (H402Y) ve rs2274700 (A473A) polimorfi zmleri idi. Buna ek olarak, HTRA1 geninin 1. eksonunda özdeş olmayan aminoasid değişimi olan rs369149111 (A20V) polimorfi zmi saptandı. Bu özdeş olmayan değişiklik tek bir nükleotid polimorfi zmi idi ve PolyPhen and SIFT analizlerinde bir patolojik duruma sebep olmuyordu. Sonuç: Bu çalışmada Türk hastalarda, CFH geninin rs1061170 (H402Y) ve rs2274700 (A473A) polimorfi zmlerinin risk alellerinin heterozigot varyasyonlarının, normal alellerin homozigot varyasyonlarına kıyasla YBMD riski ile anlamlı ilişkisi saptanmıştır.

Abstract

Purpose: To investigate the genes HTRA serine peptidase1 (HTRA1) and complement factor H (CFH) in Turkish patients with exudativeage-related macular degeneration (AMD).Materials and Methods: This study included 39 exudative AMD patients and 250 healthy individuals with exome sequencing data as a controlgroup. Patients with known environmental and systemic risk factors for AMD were excluded. Genomic DNA was isolated from peripheralblood and analyzed using next-generation sequencing. All coding exons of the HTRA1 gene and selected exons (3, 9 and 10) of the CFH genewere analyzed.Results: Sequence analysis of the CFH gene identifi ed two genetic variations in the study group. Our results identifi ed these variations aspolymorphisms rs1061170 (H402Y) and rs2274700 (A473A). Additionally, rs369149111 (A20V) polymorphism, in which a non-synonymousamino acid exchange in exon 1 of the HTRA1 gene was detected. This non-synonymous exchange was a single nucleotide polymorphism anddid not lead to a pathological condition based on PolyPhen and SIFT analyses.Conclusion: The study showed that heterozygous variations of the risk alleles of rs1061170 (H402Y) and rs2274700 (A473A) polymorphismsof the CFH gene were associated with AMD risk, compared to the homozygous variant of the normal allele in Turkish patients.